OpenStructure
mat.py
Go to the documentation of this file.
1 from ost.seq.alg import SubstWeightMatrix
2 
3 def _InitMatrix(data):
4  """
5  Initialise a new substitution weight matrix with the weights in data. data
6  must be a 24x24 array of ints.
7  """
9  # string of valid amino acid one letter codes
10  chars='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ'
11  for i, row in enumerate(data):
12  for j, weight in enumerate(row):
13  mat.SetWeight(chars[i], chars[j], weight)
14  return mat
15 
16 
17 _RAW_BLOSUM62_DATA=(
18  (4,-2,0,-2,-1,-2,0,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,1,0,0,-3,-1,-2),
19  (-2,6,-3,6,2,-3,-1,-1,-3,-1,-4,-3,1,-1,0,-2,0,-1,-3,-4,-1,-3),
20  (0,-3,9,-3,-4,-2,-3,-3,-1,-3,-1,-1,-3,-3,-3,-3,-1,-1,-1,-2,-1,-2),
21  (-2,6,-3,6,2,-3,-1,-1,-3,-1,-4,-3,1,-1,0,-2,0,-1,-3,-4,-1,-3),
22  (-1,2,-4,2,5,-3,-2,0,-3,1,-3,-2,0,-1,2,0,0,-1,-2,-3,-1,-2),
23  (-2,-3,-2,-3,-3,6,-3,-1,0,-3,0,0,-3,-4,-3,-3,-2,-2,-1,1,-1,3),
24  (0,-1,-3,-1,-2,-3,6,-2,-4,-2,-4,-3,0,-2,-2,-2,0,-2,-3,-2,-1,-3),
25  (-2,-1,-3,-1,0,-1,-2,8,-3,-1,-3,-2,1,-2,0,0,-1,-2,-3,-2,-1,2),
26  (-1,-3,-1,-3,-3,0,-4,-3,4,-3,2,1,-3,-3,-3,-3,-2,-1,3,-3,-1,-1),
27  (-1,-1,-3,-1,1,-3,-2,-1,-3,5,-2,-1,0,-1,1,2,0,-1,-2,-3,-1,-2),
28  (-1,-4,-1,-4,-3,0,-4,-3,2,-2,4,2,-3,-3,-2,-2,-2,-1,1,-2,-1,-1),
29  (-1,-3,-1,-3,-2,0,-3,-2,1,-1,2,5,-2,-2,0,-1,-1,-1,1,-1,-1,-1),
30  (-2,1,-3,1,0,-3,0,1,-3,0,-3,-2,6,-2,0,0,1,0,-3,-4,-1,-2),
31  (-1,-1,-3,-1,-1,-4,-2,-2,-3,-1,-3,-2,-2,7,-1,-2,-1,-1,-2,-4,-1,-3),
32  (-1,0,-3,0,2,-3,-2,0,-3,1,-2,0,0,-1,5,1,0,-1,-2,-2,-1,-1),
33  (-1,-2,-3,-2,0,-3,-2,0,-3,2,-2,-1,0,-2,1,5,-1,-1,-3,-3,-1,-2),
34  (1,0,-1,0,0,-2,0,-1,-2,0,-2,-1,1,-1,0,-1,4,1,-2,-3,-1,-2),
35  (0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-2,-1,-1,-1,-1,0,-1,-1,-1,1,5,0,-2,-1,-2),
36  (0,-3,-1,-3,-2,-1,-3,-3,3,-2,1,1,-3,-2,-2,-3,-2,0,4,-3,-1,-1),
37  (-3,-4,-2,-4,-3,1,-2,-2,-3,-3,-2,-1,-4,-4,-2,-3,-3,-2,-3,11,-1,2),
38  (-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1),
39  (-2,-3,-2,-3,-2,3,-3,2,-1,-2,-1,-1,-2,-3,-1,-2,-2,-2,-1,2,-1,7),
40  (-1,2,-4,2,5,-3,-2,0,-3,1,-3,-2,0,-1,2,0,0,-1,-2,-3,-1,-2),
41 )
42 
43 BLOSUM62=_InitMatrix(_RAW_BLOSUM62_DATA)
44 
45 __all__=['BLOSUM62']