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00009
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00012
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00014
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00016
00017
00018
00019 #ifndef OST_SEQUENCE_VIEWER_ALIGNMENT_VIEW_OBJECT
00020 #define OST_SEQUENCE_VIEWER_ALIGNMENT_VIEW_OBJECT
00021
00022
00023
00024
00025
00026 #ifndef Q_MOC_RUN
00027
00028 #include <ost/seq/alignment_handle.hh>
00029
00030 #include <ost/gfx/gradient.hh>
00031
00032 #include "sequence_view_object.hh"
00033 #endif
00034
00035 namespace ost { namespace gui {
00036
00037 class AlignmentViewObject : public SequenceViewObject
00038 {
00039 Q_OBJECT
00040
00041 public:
00042 AlignmentViewObject(const seq::AlignmentHandle& alignment, QObject* parent = 0);
00043
00044 QVariant GetData(int row, int column, int role);
00045 const seq::AlignmentHandle& GetAlignment();
00046
00047 void SetDisplayMode(const QString& mode);
00048
00049 private:
00050 gfx::Gradient gradient_;
00051 seq::AlignmentHandle alignment_;
00052 QMap<int, QColor> conservation_1_;
00053 QMap<int, QColor> conservation_2_;
00054
00055 static QMap<QString,int> group_map_;
00056
00057 static const QString conservation_mode_1;
00058 static const QString conservation_mode_2;
00059 };
00060
00061
00062 }}
00063
00064 #endif