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00017
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00019
00020
00021
00022
00023
00024 #ifndef OST_PSSM_IO_HANDLER_HH
00025 #define OST_PSSM_IO_HANDLER_HH
00026
00027 #include <ost/io/module_config.hh>
00028 #include "profile_io_handler.hh"
00029
00030 namespace ost { namespace io {
00031
00032 class DLLEXPORT_OST_IO PssmIOHandler : public ProfileIOHandler {
00033 public:
00034 virtual void Import(seq::ProfileHandle& prof,
00035 const boost::filesystem::path& loc);
00036 virtual void Export(const seq::ProfileHandle& prof,
00037 const boost::filesystem::path& loc) const;
00038
00039 static bool ProvidesImport(const boost::filesystem::path& loc,
00040 const String& format="auto");
00041 static bool ProvidesExport(const boost::filesystem::path& loc,
00042 const String& format="auto");
00043
00044 static String GetFormatName() { return String("PSSM"); }
00045 static String GetFormatDescription() {
00046 return String("ASCII Table (PSSM) output of PSI-BLAST (flag -Q)");
00047 }
00048 };
00049
00050 typedef ProfileIOHandlerFactory<PssmIOHandler> PssmIOHandlerFactory;
00051
00052 }}
00053
00054 #endif