default_contact_weight_matrix.hh

Go to the documentation of this file.

namespace ost { namespace seq { namespace alg {
 
char RAW_CONTACT_WEIGHT_MATRIX_RES_LIST[21]={'D', 'E', 'R', 'K', 'H', 'S', 'T', 'N', 'Q', 'G', 'P', 'Y', 'W', 'V', 'I', 'L', 'M', 'F', 'A', 'C','-'};
 
Real RAW_CONTACT_WEIGHT_MATRIX[21][21]=
    {
      { 0.0168, 0.0000, 0.4730, 0.3602, 0.3627, 0.1650, 0.1716, 0.2177, 0.2272, 0.0770, 0.0733, 0.3501, 0.3262, 0.1228, 0.1393, 0.1263, 0.1792, 0.2105, 0.0757, 0.1801, 0.0000},
      { 0.0000, 0.0676, 0.4996, 0.3966, 0.3357, 0.1594, 0.1866, 0.1958, 0.2390, 0.0333, 0.0945, 0.3699, 0.3719, 0.1753, 0.1948, 0.1866, 0.2057, 0.2506, 0.1179, 0.1688, 0.0000},
      { 0.4730, 0.4996, 0.3499, 0.1961, 0.3666, 0.2970, 0.3204, 0.3266, 0.3599, 0.2218, 0.2777, 0.5060, 0.5262, 0.3196, 0.3532, 0.3577, 0.3560, 0.4251, 0.2489, 0.3517, 0.0000},
      { 0.3602, 0.3966, 0.1961, 0.1128, 0.2100, 0.1731, 0.2061, 0.2093, 0.2493, 0.0799, 0.0802, 0.3928, 0.3725, 0.2150, 0.2331, 0.2226, 0.2164, 0.2845, 0.1383, 0.2104, 0.0000},
      { 0.3627, 0.3357, 0.3666, 0.2100, 0.5496, 0.3269, 0.3494, 0.3122, 0.3180, 0.2106, 0.2629, 0.5362, 0.5588, 0.3475, 0.3754, 0.3618, 0.4193, 0.4679, 0.2361, 0.4789, 0.0000},
      { 0.1650, 0.1594, 0.2970, 0.1731, 0.3269, 0.1866, 0.2143, 0.2210, 0.2315, 0.1203, 0.1250, 0.3501, 0.3960, 0.2381, 0.2586, 0.2358, 0.2758, 0.3335, 0.1628, 0.3010, 0.0000},
      { 0.1716, 0.1866, 0.3204, 0.2061, 0.3494, 0.2143, 0.2894, 0.2553, 0.2783, 0.1418, 0.1529, 0.3962, 0.4310, 0.3452, 0.3660, 0.3237, 0.3417, 0.3951, 0.2073, 0.3458, 0.0000},
      { 0.2177, 0.1958, 0.3266, 0.2093, 0.3122, 0.2210, 0.2553, 0.3119, 0.2868, 0.1666, 0.1810, 0.3706, 0.3994, 0.2195, 0.2391, 0.2168, 0.2834, 0.3160, 0.1618, 0.2983, 0.0000},
      { 0.2272, 0.2390, 0.3599, 0.2493, 0.3180, 0.2315, 0.2783, 0.2868, 0.3159, 0.1473, 0.2187, 0.4208, 0.4769, 0.2727, 0.3014, 0.2989, 0.3234, 0.3733, 0.2010, 0.2982, 0.0000},
      { 0.0770, 0.0333, 0.2218, 0.0799, 0.2106, 0.1203, 0.1418, 0.1666, 0.1473, 0.0990, 0.0727, 0.3054, 0.3354, 0.1831, 0.1984, 0.1959, 0.2488, 0.2887, 0.1321, 0.2889, 0.0000},
      { 0.0733, 0.0945, 0.2777, 0.0802, 0.2629, 0.1250, 0.1529, 0.1810, 0.2187, 0.0727, 0.1358, 0.4454, 0.4871, 0.1879, 0.2176, 0.2163, 0.2738, 0.3492, 0.1143, 0.2611, 0.0000},
      { 0.3501, 0.3699, 0.5060, 0.3928, 0.5362, 0.3501, 0.3962, 0.3706, 0.4208, 0.3054, 0.4454, 0.6013, 0.6686, 0.5248, 0.5702, 0.5625, 0.5797, 0.6506, 0.3876, 0.5335, 0.0000},
      { 0.3262, 0.3719, 0.5262, 0.3725, 0.5588, 0.3960, 0.4310, 0.3994, 0.4769, 0.3354, 0.4871, 0.6686, 0.7438, 0.5554, 0.6133, 0.6157, 0.6450, 0.7208, 0.4170, 0.6399, 0.0000},
      { 0.1228, 0.1753, 0.3196, 0.2150, 0.3475, 0.2381, 0.3452, 0.2195, 0.2727, 0.1831, 0.1879, 0.5248, 0.5554, 0.5436, 0.5726, 0.5340, 0.4934, 0.5834, 0.3537, 0.4786, 0.0000},
      { 0.1393, 0.1948, 0.3532, 0.2331, 0.3754, 0.2586, 0.3660, 0.2391, 0.3014, 0.1984, 0.2176, 0.5702, 0.6133, 0.5726, 0.6365, 0.5952, 0.5478, 0.6388, 0.3921, 0.5096, 0.0000},
      { 0.1263, 0.1866, 0.3577, 0.2226, 0.3618, 0.2358, 0.3237, 0.2168, 0.2989, 0.1959, 0.2163, 0.5625, 0.6157, 0.5340, 0.5952, 0.5835, 0.5272, 0.6279, 0.3691, 0.4760, 0.0000},
      { 0.1792, 0.2057, 0.3560, 0.2164, 0.4193, 0.2758, 0.3417, 0.2834, 0.3234, 0.2488, 0.2738, 0.5797, 0.6450, 0.4934, 0.5478, 0.5272, 0.5920, 0.6433, 0.3527, 0.5070, 0.0000},
      { 0.2105, 0.2506, 0.4251, 0.2845, 0.4679, 0.3335, 0.3951, 0.3160, 0.3733, 0.2887, 0.3492, 0.6506, 0.7208, 0.5834, 0.6388, 0.6279, 0.6433, 0.7323, 0.4201, 0.5920, 0.0000},
      { 0.0757, 0.1179, 0.2489, 0.1383, 0.2361, 0.1628, 0.2073, 0.1618, 0.2010, 0.1321, 0.1143, 0.3876, 0.4170, 0.3537, 0.3921, 0.3691, 0.3527, 0.4201, 0.2846, 0.3407, 0.0000},
      { 0.1801, 0.1688, 0.3517, 0.2104, 0.4789, 0.3010, 0.3458, 0.2983, 0.2982, 0.2889, 0.2611, 0.5335, 0.6399, 0.4786, 0.5096, 0.4760, 0.5070, 0.5920, 0.3407, 1.0000, 0.0000},
      { 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000, 0.0000}};
 
}}}