mat.py

Go to the documentation of this file.

from ost.seq.alg import SubstWeightMatrix

def _InitMatrix(data):
  """
  Initialise a new substitution weight matrix with the weights in data. data
  must be a 24x24 array of ints.
  """
  mat=SubstWeightMatrix()
  # string of valid amino acid one letter codes
  chars='ABCDEFGHIKLMNPQRSTVWXYZ'
  for i, row in enumerate(data):
    for j, weight in enumerate(row):
      mat.SetWeight(chars[i], chars[j], weight)
  return mat
      
  
_RAW_BLOSUM62_DATA=(  
  (4,-2,0,-2,-1,-2,0,-2,-1,-1,-1,-1,-2,-1,-1,-1,1,0,0,-3,-1,-2),
  (-2,6,-3,6,2,-3,-1,-1,-3,-1,-4,-3,1,-1,0,-2,0,-1,-3,-4,-1,-3),
  (0,-3,9,-3,-4,-2,-3,-3,-1,-3,-1,-1,-3,-3,-3,-3,-1,-1,-1,-2,-1,-2),
  (-2,6,-3,6,2,-3,-1,-1,-3,-1,-4,-3,1,-1,0,-2,0,-1,-3,-4,-1,-3),
  (-1,2,-4,2,5,-3,-2,0,-3,1,-3,-2,0,-1,2,0,0,-1,-2,-3,-1,-2),
  (-2,-3,-2,-3,-3,6,-3,-1,0,-3,0,0,-3,-4,-3,-3,-2,-2,-1,1,-1,3),
  (0,-1,-3,-1,-2,-3,6,-2,-4,-2,-4,-3,0,-2,-2,-2,0,-2,-3,-2,-1,-3),
  (-2,-1,-3,-1,0,-1,-2,8,-3,-1,-3,-2,1,-2,0,0,-1,-2,-3,-2,-1,2),
  (-1,-3,-1,-3,-3,0,-4,-3,4,-3,2,1,-3,-3,-3,-3,-2,-1,3,-3,-1,-1),
  (-1,-1,-3,-1,1,-3,-2,-1,-3,5,-2,-1,0,-1,1,2,0,-1,-2,-3,-1,-2),
  (-1,-4,-1,-4,-3,0,-4,-3,2,-2,4,2,-3,-3,-2,-2,-2,-1,1,-2,-1,-1),
  (-1,-3,-1,-3,-2,0,-3,-2,1,-1,2,5,-2,-2,0,-1,-1,-1,1,-1,-1,-1),
  (-2,1,-3,1,0,-3,0,1,-3,0,-3,-2,6,-2,0,0,1,0,-3,-4,-1,-2),
  (-1,-1,-3,-1,-1,-4,-2,-2,-3,-1,-3,-2,-2,7,-1,-2,-1,-1,-2,-4,-1,-3),
  (-1,0,-3,0,2,-3,-2,0,-3,1,-2,0,0,-1,5,1,0,-1,-2,-2,-1,-1),
  (-1,-2,-3,-2,0,-3,-2,0,-3,2,-2,-1,0,-2,1,5,-1,-1,-3,-3,-1,-2),
  (1,0,-1,0,0,-2,0,-1,-2,0,-2,-1,1,-1,0,-1,4,1,-2,-3,-1,-2),
  (0,-1,-1,-1,-1,-2,-2,-2,-1,-1,-1,-1,0,-1,-1,-1,1,5,0,-2,-1,-2),
  (0,-3,-1,-3,-2,-1,-3,-3,3,-2,1,1,-3,-2,-2,-3,-2,0,4,-3,-1,-1),
  (-3,-4,-2,-4,-3,1,-2,-2,-3,-3,-2,-1,-4,-4,-2,-3,-3,-2,-3,11,-1,2),
  (-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1,-1),
  (-2,-3,-2,-3,-2,3,-3,2,-1,-2,-1,-1,-2,-3,-1,-2,-2,-2,-1,2,-1,7),
  (-1,2,-4,2,5,-3,-2,0,-3,1,-3,-2,0,-1,2,0,0,-1,-2,-3,-1,-2),
)

BLOSUM62=_InitMatrix(_RAW_BLOSUM62_DATA)

__all__=['BLOSUM62']