![o](ftv2node.png) _base | |
![o](ftv2node.png) _conop | |
![o](ftv2node.png) _geom | |
![o](ftv2node.png) _info | |
![o](ftv2node.png) _io | |
![o](ftv2node.png) _mol | |
![o](ftv2node.png) _mol_alg | |
![o](ftv2node.png) _qa | |
![o](ftv2node.png) _seq | |
![o](ftv2node.png) _seq_alg | |
![o](ftv2mnode.png) geom | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Axis | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AlignedCuboid | Axis-aligned cuboid |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Line2 | Line2 |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Rectangle2 | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Polygon2 | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Ellipse2 | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Hyperbola2 | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Circle2 | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Line3 | Line3 |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Plane | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Sphere | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) CuboidAxis | Cuboid axis defined by a normalized direction vector and a half extent |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Cuboid | Arbitrary oriented bounding cuboid |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Rotation3 | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) GeomException | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) DivideByZeroException | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) OutOfRangeException | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Mat2 | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Mat3 | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Mat4 | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) PointCloud | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) PointCloudManager | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Quat | Unit quaternion |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Vec2 | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Vec3 | Three dimensional vector class, using Real precision |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Vec3List | |
![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) Vec4 | |
![o](ftv2node.png) init | |
![o](ftv2mnode.png) init_cl | |
![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) OstOptionParser | |
![o](ftv2node.png) init_iplt | |
![o](ftv2mnode.png) ost | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) bindings | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) blast | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AlignedPatch | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) BlastHit | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) BlastError | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) clustalw | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) dssp | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) hbplus | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) HBond | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) lga | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) GDTResult | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) msms | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) MsmsProcessError | Custom exception that substitutes CalledProcessError |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) naccess | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) tmtools | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) TMAlignResult | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) TMScoreResult | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2plastnode.png) utils | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![](ftv2blank.png) ![\](ftv2lastnode.png) TempDirWithFiles | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) conop | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) detail | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2plastnode.png) ConnResEntry | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![](ftv2blank.png) ![\](ftv2lastnode.png) TorsionEntry | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Builder | Abstract builder interface |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Date | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AtomSpec | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) BondSpec | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Compound | Knows about the atoms and bonds of a chemical compounds |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) CompoundLib | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Conopology | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) HeuristicBuilder | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) RingFinder | Class for finding rings in an entity |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) RuleBasedBuilder | Use library of chemical compounds to derive bonds and clean-up structural problems |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) db | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) PreparedStatement | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) DatabaseError | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) RowSet | Row set iterator |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) Database | SQLite database handle |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) geom | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) gfx | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) info | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) detail | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) @74 | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) EleImpl | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) InfoImpl | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) InfoError | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) InfoGroup | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) InfoHandle | Main info handle |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) InfoItem | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) InfoPath | Encapsulates path to info groups and items |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) InfoSet | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) VerboseInfoVisitor | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) InfoVisitor | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) InfoConstVisitor | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) io | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) detail | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SerializeWriteHelper< false, T > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SerializeWriteHelper< true, T > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SerializeHelper< false, T > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SerializeHelper< true, T > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) tiff_warning_handler_wrapper | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) complexint32_t | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) complexint16 | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) complexint8 | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) fmt | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) LPadded | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) RPadded | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) LPaddedInt | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) LPaddedFloat | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) hhsearch | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) HHSearchHit | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) HitSummary | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) HHSearchResult | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) jpk_tags | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) repository | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) ModelRepository | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) BinaryDataSink | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) BinaryDataSource | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ChemdictParser | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ClustalIOHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Convert | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) BinaryOStream | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) BinaryIStream | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) CRDReader | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) CRDWriter | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) EntityIOCRDHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) EntityIOHandler | Pure abstract base class for entity io handlers |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) EntityIOHandlerFactoryBase | Pure abstract base class for creation of a specfic entity io handle |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) EntityIOHandlerFactory | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) MAEReader | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) EntityIOMAEHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) EntityIOPDBHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) EntityIOSDFHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) FastaIOHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) LineSlice | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) FormattedLine | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ImageFormatBase | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) UndefinedImageFormat | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) DAT | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) MapIODatHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) DF3 | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) DF3MapIOHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) DM3 | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) MapIODm3Handler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) DX | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) MapIODxHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) MapIOHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) MapIOHandlerFactoryBase | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) MapIOHandlerFactory | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) JPK | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) MapIOJpkHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) MRC | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) CCP4 | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) MapIOMrcHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Nanoscope | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) MapIONanoscopeHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) PNG | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) MapIOPngHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Situs | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) MapIOSitusHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Spider | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) MapIOSpiHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) TIF | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) MapIOTiffHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) IOException | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) IOUnknownFormatException | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) IOFileAlreadyLoadedException | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) IOManager | Central registry for input/output handlers |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) IOProfile | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) IOProfileRegistry | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) PDBReader | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) PDBWriter | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SDFReader | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SDFWriter | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) StarDataItem | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) StarLoopDesc | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) StarParser | Parser for the STAR file format |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SurfaceIOHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SurfaceIOHandlerFactoryBase | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SurfaceIOHandlerFactory | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SurfaceIOMSMSHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) PirIOHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) PromodIOHandler | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SequenceIOHandler | Pure abstract base class for entity io handlers |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SequenceIOHandlerFactoryBase | Pure abstract base class for creation of a specfic alignment io handler |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SequenceIOHandlerFactory | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) IOProfiles | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) mol | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) alg | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) views | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SecStructureSegment | Consecutive secondary structure element |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SuperpositionResult | Stores the number of cycles and the two final EntityViews (in case IterativeSuperposition was applied), the root mean square deviation of the two superposed objects and the transformation matrix (geom::Mat4) to superpose input1 onto input2 |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) SuperposerSVD | Effiently superpose a bunch of models with the same number of atoms Choose either two EntityViews or two AtomViewLists |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) impl | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) tok | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AtomGroupEntry | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AtomGroup | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AtomImpl | Atom implementation |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AtomProp | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ChainImpl | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ConnectorImpl | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Dihedral | Low level dihedral implementation |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) EntityImpl | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) FragmentImpl | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) pointer_it | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) WithinParam | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Node | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) LogicOPNode | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SelNode | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) QueryToken | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) QueryLexer | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SelStmt | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SelItem | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) GenProp | Struct to store info about GenericProperties parsed from the |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) QueryImpl | Query statement implementation |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ResidueImpl | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SurfaceImpl | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) TorsionImpl | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AtomBase | Base class for AtomHandle and AtomView |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AtomHandle | Handle to atom datatype |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AtomView | Definition of AtomView |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) BondHandle | Chemical bond |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) BondTableEntry | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) BondTable | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ChainBase | Base class for ChainHandle and ChainView |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ChainHandle | Linear chain of residues |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ChainView | Definition of ChainView |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ChemClass | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) CoordGroupHandle | Coordinate group, for trajectories and such |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) CoordSource | Coordinate source |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) EditorBase | Base class for entity editors |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) EntityBase | Definition of EntityBase |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) EntityHandle | Protein or molecule |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) EntityObserver | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) EntityPropertyMapper | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) EntityView | Definition of EntityView |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) EntityVisitor | EntityVisitor interface |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) EntityViewVisitor | EntityViewVisitor interface |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ICSEditor | Editor for internal molecule coordinates |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) InMemCoordSource | In-memory coordinate source |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) IterRange | Adaptor to turn iterator into an iterator range |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ChainHandleIter | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ResidueHandleIter | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ResidueViewIter | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AtomHandleIter | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AtomViewIter | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) NotConnectedError | Error to indicate that two atoms that are supposed to be connected are not |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Prop | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) PropertyError | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) QueryFlag | Query flags |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Query | Selection Query |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) QueryErrorDesc | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) QueryError | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) QueryState | Holds state used during query evaluation |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) QueryViewWrapper | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ResidueBase | Base class for ResidueHandle and ResidueView |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ResidueHandle | Residue handle |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ResNum | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ResidueView | Residue view |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SecStructure | Secondary structure types as defined by DSSP. For convenience, the enum values match the characters used in the DSP file format |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SpatialOrganizer | Spatial organizer |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SurfaceHandle | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SurfaceVertex | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SurfaceTri | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) TorsionHandle | Named torsion (dihedral) angle |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Transform | Basic and essential transformation class, including translation, rotation and center of rotation |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ViewAddFlag | Flags to control the behaviour when adding handles to views |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) XCSEditor | External coordinate system editor |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) qa | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) atom | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) impl | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ReducedPotentialImpl | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) IndexBase | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) NullType | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) LengthOf | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) LengthOf< NullType, NullType, NullType, NullType, NullType, NullType, NullType > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) If< true, T, F > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) If< false, T, F > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) IsEqual | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) IsEqual< T, T > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) IfNull | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AllAtomPotentialOpts | Interaction statistics options |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AllAtomPotential | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AminoAcidSetIterator | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AminoAcidSet | Amino acid bit set |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Histogram | Histogram specialization for multi classifier |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Index< 1 > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Index< 2 > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Index< 3 > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Index< 4 > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Index< 5 > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Index< 6 > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Index< 7 > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) IndexIterator | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) InteractionStatistics | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ClassifierBase | Base class for classifiers |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) IntegralClassifier | Classifier for integral classes |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ContinuousClassifier | Classifier for real valued classes |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Classifier< int > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Classifier< Real > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Classifier< impl::NullType > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) NullFind | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) IndexFind< C, impl::NullType, I > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) IndexFind | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) NumberOfClasses< impl::NullType > | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) NumberOfClasses | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) MultiClassifier | Generic n-dimensional classifier |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) PackingPotentialOpts | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) PackingPotential | Packing (solvent accessibility) potential |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) PackingStatistics | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ReducedPotential | Reduced model statistical potential operating on the residue level |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ReducedStatOptions | Aggregates the option for the reduced model statistics |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ReducedStatistics | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) TorsionPotentialOptsSolis | Torsion potential options |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) TorsionPotentialSolis | Torsion potential |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) TorsionStatisticsSolis | Sequence dependent torsion statistics |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) TorsionPotentialOpts | Torsion potential options |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) TorsionPotential | Torsion potential |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) TorsionStatistics | Sequence dependent torsion statistics |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) seq | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) alg | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) mat | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) renumber | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AlignmentOpts | Options for local and global sequence alignment algorithms |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) InsDel | Get insertions and deletions of an alignment |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) RefMode | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) SubstWeightMatrix | Position-independet substitution weight matrix |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) impl | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SequenceImpl | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SequenceListImpl | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) SequenceListIterator | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AlignedColumn | Provides access to a column in a aligned region or a sequence alignment |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AlignedColumnIterator | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AlignedRegion | Region in a sequence alignment |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) AlignmentHandle | Representation of a multiple sequence alignemnt consisting of two or more sequences |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) InvalidSequence | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) InvalidAlignment | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ConstSequenceHandle | Immutable sequence |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) SequenceHandle | Mutable sequence handle |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ConstSequenceList | List of immutable sequences |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) SequenceList | List of sequences |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2pnode.png) settings | |
![|](ftv2vertline.png) ![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) FileNotFound | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) stutil | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) PairToTupleConverter | Helper to convert between python tuple and std::pair |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) VectorAdditions | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) FixedString | String class that uses an array of static size to hold the characters |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) GenericPropError | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) GenericPropContainerImpl | Base class for the implementation |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) ConstGenericPropContainer | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) GenericPropContainer | Base class for the handler classes |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) IntegrityError | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) InvalidHandle | Signals access of member functions of invalid handles |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Logger | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) LogSink | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) StreamLogSink | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) FileLogSink | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) MultiLogSink | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Error | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) PodVector | Vector container that treats its data as POD - even if it isn't in the strict sense |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Profile | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) Range | |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) StringRef | Convenient datatype for referencing character data |
![|](ftv2vertline.png) ![o](ftv2node.png) TriMatrix | Triangular matrix template |
![|](ftv2vertline.png) ![\](ftv2lastnode.png) Units | |
![o](ftv2node.png) img | |
![o](ftv2node.png) circular_iter | |
![o](ftv2node.png) const_circular_iter | |
![o](ftv2node.png) InvalidatedPointer | |
![o](ftv2node.png) iterator | |
![\](ftv2lastnode.png) PtrObserver | |