- s -

• Sampling() : ConstData , ImageHandle , NullData , ConstImageHandle , ImageHandle , ConstImageHandle , NullData
• Save() : PanelManager , SplitterPanelBar , FileBrowser , TabbedPanelBar , Perspective , GLWin , PythonShell , SceneWin , MessageWidget , SequenceViewer , ToolOptionsWin , ButtonBar , Widget , SimilarityMatrix , ButtonBox , Forcefield , Simulation , DropBox , Topology , ProfileDB , PanelBar , Table
• SaveGeom() : WidgetGeomHandler
• sc_lddt() : OligoLDDTScorer
• sc_lddt_scorers() : OligoLDDTScorer
• Scalar() : Scalar
• Scale() : Scale , CircleMask , CompositeMask , ExtentMask , InvertedMask , MaskBase , PolygonMask , SphericalMask
• SceneEnd() : ColladaExporter , Exporter , GostExporter
• SceneMenu() : SceneMenu
• SceneNode() : SceneNode
• SceneStart() : ColladaExporter , Exporter , GostExporter
• SceneWin() : SceneWin
• SceneWinModel() : SceneWinModel
• scrollTo() : SequenceTableView
• SDFReader() : SDFReader
• SDFWriter() : SDFWriter
• Search() : HHblits
• SearchColNames() : Table
• SecStrRow() : SecStrRow
• SecStructure() : SecStructure
• SecStructureSegment() : SecStructureSegment
• Select() : GLCanvas , SceneMenu , ChainHandle , ChainView , EntityHandle , EntityView , EntityImpl , ResidueHandle , ResidueView , SelectRefDialog , Table
• SelectAllViews() : SceneSelection
• SelectAroundAtom() : SceneMenu
• SelectAroundResidue() : SceneMenu
• SelectAtom() : SceneMenu
• SelectBackbone() : SceneMenu
• selected() : DataViewerPanelBase
• SelectionChanged() : Scene , SceneObserver , SceneWinModel , SequenceModel , SequenceViewer , SceneObserverImpl
• SelectionModeChanged() : SceneObserver , SceneObserverImpl
• SelectionTool() : SelectionTool
• SelectLigands() : SceneMenu
• SelectResidue() : SceneMenu
• SelectSidechains() : SceneMenu
• SelNode() : SelNode
• SelStmt() : SelStmt
• SeqSearchBar() : SeqSearchBar
• SeqSecStrPainter() : SeqSecStrPainter
• SeqSelectionPainter() : SeqSelectionPainter
• SeqTextPainter() : SeqTextPainter
• SequenceDelegate() : SequenceDelegate
• SequenceHandle() : SequenceHandle
• SequenceImpl() : SequenceImpl
• SequenceList() : SequenceList
• SequenceListImpl() : SequenceListImpl
• SequenceListIterator() : SequenceListIterator< T, I >
• SequenceModel() : SequenceModel
• SequenceRow() : SequenceRow
• SequencesHaveEqualLength() : SequenceListImpl , ConstSequenceList , SequenceList
• SequenceTableView() : SequenceTableView
• SequenceViewer() : SequenceViewer
• SequenceViewObject() : SequenceViewObject
• Serialize() : AminoAcidSet , FixedString< LENGTH > , BuildingBlock , ResidueNames , GromacsHydrogenConstructor , GromacsBlockModifier , HeuristicHydrogenConstructor , HeuristicBlockModifier , Index< 1 > , Index< 2 > , Index< 3 > , Index< 4 > , Index< 5 > , Index< 6 > , Index< 7 > , Interaction , Topology
• SerializeHelper() : SerializeHelper< false, T > , SerializeHelper< true, T >
• SerializeWriteHelper() : SerializeWriteHelper< false, T > , SerializeWriteHelper< true, T >
• set() : AdjacencyBitmap
• Set() : ImageHandle , IOProfileRegistry , Dist2Mean , TriMatrix< T >
• set_block_edit_mode_() : PythonShellWidget
• set_block_type_() : PythonShellWidget
• set_command_() : PythonShellWidget
• set_node_colors() : TraceRendererBase
• set_output_visible_() : PythonShellWidget
• set_state_() : WidgetStateSaver< BASE, T1, T2, T3 > , WidgetStateSaver< BASE, T1, T2 > , WidgetStateSaver< BASE, T1 > , WidgetStateSaver< BASE >
• SetA() : Ellipse2 , Hyperbola2 , ButterworthLowPassFilter
• SetAALines() : GfxObj , GfxObjBase , LineRenderOptions , IndexedVertexArray
• SetAbsoluteOrigin() : ImageHandle , ImageStateBase , ImageStateImpl< T, D >
• setActive() : State , StateMachine
• SetActiveColor() : PointlistOverlayBase
• SetActiveTool() : ToolManager
• SetAlignment() : SequenceViewer
• SetAlpha() : Color
• SetAmb() : Material
• SetAmbientOcclusion() : Scene
• SetAmbientOcclusionMode() : Scene
• SetAmbientOcclusionQuality() : Scene
• SetAmbientOcclusionSize() : Scene
• SetAmbientOcclusionWeight() : Scene
• SetAngle() : ICSEditor , EntityImpl , TorsionImpl
• SetAngleICS() : Dihedral
• SetAnisou() : AtomBase , AtomImpl
• SetAntialiasing() : DataViewer , DataViewerPanelBase
• SetAppTitle() : GostyApp
• SetArcDetail() : PrimList , CartoonRenderOptions , CustomRenderOptions , TraceRenderOptions
• SetAssignTorsions() : Processor
• SetAtom() : FragmentImpl
• SetAtomOriginalPos() : XCSEditor
• SetAtomPos() : CoordGroupHandle , CoordSource , XCSEditor
• SetAtomTransformedPos() : XCSEditor
• SetAttribute() : InfoGroup , InfoHandle , EleImpl , InfoItem
• SetAuthChainID() : MMCifReader
• SetAuthorList() : MMCifInfoCitation
• SetAuto() : ClipWidget
• SetAutoslabMode() : Scene
• SetB() : Ellipse2 , Hyperbola2
• SetBackground() : Scene
• SetBackgroundStereoMode() : Scene
• SetBackgroundStereoOffset() : Scene
• SetBeacon() : Scene
• SetBeaconOff() : Scene
• SetBFactor() : AtomBase , AtomImpl
• SetBins() : LevelPreview
• SetBitDepth() : TIF , DAT , IPL , MRC , TIF , DAT , IPL , MRC
• SetBlocksize() : DiscreteShrinkFnc
• SetBlue() : Color
• SetBlur() : Entity , Scene
• SetBlurFactors() : Entity , SimpleRenderOptions
• SetBlurFlag() : SimpleRenderOptions
• SetBondLength() : ICSEditor
• SetBondOrder() : BondHandle , ConnectorImpl
• SetBondOrderDistance() : SimpleRenderOptions
• SetBondOrderFlag() : SimpleRenderOptions
• SetBondRad() : CustomRenderOptions
• SetBool() : InfoItem
• SetBoolProp() : GenericPropContainer< H >
• SetBoolRepr() : EleImpl
• SetBrush() : SymbolDrawingStrategy
• SetCAS() : MMCifInfoCitation
• SetCASPFlag() : MMCifInfoStructDetails
• SetCategory() : StarLoopDesc
• SetCellAngles() : CoordFrame
• SetCellSize() : CoordFrame
• SetCenter() : Circle2 , Transform , Scene
• SetCentralAtom() : ResidueImpl , ResidueBase
• SetChain() : SecStrRow
• SetChainCount() : ByChainColorOp
• SetChainDescription() : EditorBase
• SetChainList() : MMCifInfoBioUnit
• SetChainType() : EditorBase
• SetCharge() : AtomBase , AtomImpl , Topology
• SetCharges() : Topology
• SetCheckBondFeasibility() : Processor
• SetCheckedValue() : ImageStateImpl< T, D >
• SetChemClass() : Compound , ResidueImpl , ResidueBase
• SetChemLibInfo() : CompoundLib
• SetChemType() : Compound , ResidueImpl , ResidueBase
• SetClamp() : GradientColorOp
• SetClashingDistance() : ClashingDistances
• SetClickPoint() : InfoPanel
• SetClip() : GfxObj , GfxObjBase
• SetClipOffset() : Entity , GfxObj , GfxObjBase , IndexedVertexArray
• SetClipPlane() : GfxObj , GfxObjBase
• SetCMapParameters() : Topology
• SetCodeLogging() : TextLogger
• SetColor() : UniformColorOp , Entity , MapIso , PrimList , Surface , IndexedVertexArray , Measurement , ColorSelectWidget
• SetColorAt() : Gradient
• SetColorBlendMode() : CartoonRenderOptions
• SetColorForAtom() : Entity
• SetColorMaterial() : IndexedVertexArray
• SetColorMode() : DataViewerPanelBase
• SetCommand() : PythonTokenizer
• SetCompletionPrefix() : PythonCompleter , PythonShellWidget
• SetComplex() : ImageHandle , ImageStateBase , FrequencyDomain , HalfFrequencyDomain , ImageStateImpl< T, D > , SpatialDomain
• SetCompoundLib() : ChemdictParser
• SetConnect() : Processor
• SetConnectAminoAcids() : Processor
• SetCreationDate() : Compound
• SetCrosshair() : PointlistOverlayBase
• SetCrosshairColor() : CrosshairBaseDrawingStrategy
• SetCullFace() : IndexedVertexArray
• SetCurrentCommand() : ShellHistory
• SetCurrentPixel() : Argand
• SetCursor() : DataViewerPanelBase
• setData() : SceneWinModel , GradientListModel , PresetEditorListModel , PresetListModel
• SetData() : DataViewer , DataViewerPanelBase , FFTPanel , CustomPartNode , GfxSceneNode , LabelNode , RenderModeNode , RootNode , SceneNode , BaseRow , BaseViewObject
• SetDate() : MMCifInfoObsolete
• SetDateOriginal() : MMCifInfoRevisions
• SetDebugOctree() : MapIso
• SetDefaultCursor() : DataViewerPanelBase
• SetDefaultLib() : Conopology
• SetDefaultQueryFlags() : EntityHandle , EntityImpl
• SetDefinition() : MMPreprocessor
• SetDelta() : CoordGroupHandle
• SetDensity() : Topology
• SetDepthDarkening() : Scene
• SetDepthDarkeningWeight() : Scene
• SetDescription() : ChainImpl
• SetDescriptor() : MMCifInfoStructDetails
• SetDestroyOnClose() : Widget
• SetDetailColor() : Entity
• SetDetails() : MMCifInfoBioUnit
• SetDialect() : Compound
• SetDiameter() : PrimList
• SetDiff() : Material
• SetDir() : ConnectorImpl
• SetDirAndLength() : ConnectorImpl
• SetDisplayMode() : AlignmentViewObject , BaseViewObject , SequenceModel , SequenceViewObject
• SetDisplayPixelValues() : DataViewerPanelBase
• SetDistanceConstraintParameters() : Topology
• SetDOI() : MMCifInfoCitation
• SetDomain() : PixelSampling
• SetElement() : AtomBase , AtomImpl
• SetEmm() : Material
• SetEnabled() : EntityRenderer
• setEnabled() : ComboOptionsWidget , ToolBarOptionsWidget
• SetEnableRenderMode() : Entity
• SetEnd() : Rectangle2 , Extent
• SetEndianess() : DAT
• SetEndianessOnSave() : MRC , Spider , MRC , Spider
• SetEntityView() : EntityViewColorOp
• SetEntryID() : MMCifInfoStructDetails
• SetEps() : ButterworthLowPassFilter
• SetEpsilon() : Topology
• SetEpsilons() : Topology
• SetErrorLogging() : TextLogger
• SetException() : TerminiExceptions
• SetExportAspect() : Scene
• SetExtent() : Argand , PixelSampling
• SetFar() : Scene , ClipWidget
• SetFarBounds() : ClipWidget
• SetFastHighMagnificationDrawing() : DataViewerPanelBase
• SetFastLowMagnificationDrawing() : DataViewerPanelBase
• SetFFTSize() : FFTPanel
• SetFGMDHBondDonorParameters() : Topology
• SetFilename() : StarParser
• SetFill() : Primitive
• SetFillColor() : Primitive
• SetFixCenter() : Scene
• SetFixedPickRadius() : ConnectRendererBase
• SetFixElement() : RuleBasedProcessor
• SetFlags() : QueryViewWrapper
• SetFloat() : InfoItem
• SetFloatProp() : GenericPropContainer< H >
• SetFloatRepr() : EleImpl
• SetFog() : Scene
• SetFogColor() : Scene
• SetFogFarOffset() : Scene
• SetFogNearOffset() : Scene
• SetFogOffsets() : Scene
• SetFont() : BaseRow
• SetForcefield() : FFReader
• SetForceTube() : CartoonRenderer
• SetFormat() : TIF
• SetFormula() : Compound
• SetFOV() : Scene
• SetFrame() : GostExporter
• SetFrameCellSize() : CoordGroupHandle , CoordSource
• SetFrameDelta() : CoordSource
• SetFramePositions() : CoordGroupHandle , CoordSource
• SetFreq() : ProfileColumn
• SetFrequencySampling() : PixelSampling
• SetFudgeLJ() : Forcefield , Topology
• SetFudgeQQ() : Forcefield , Topology
• SetGamma() : Ellipse2 , Hyperbola2 , DataViewer , DataViewerPanelBase
• SetGBSARadii() : Topology
• SetGBSARadius() : Topology
• SetGenPairs() : Forcefield
• SetGeometry() : LineAverageBase
• SetGfxColor() : ColorSelectWidget
• SetGradient() : BasicGradientColorOp , GradientColorOp , GradientManager , GradientPreview
• SetGreen() : Color
• SetHarmonicAngleParameters() : Topology
• SetHarmonicBondParameters() : Topology
• SetHarmonicDistanceRestraintParameters() : Topology
• SetHarmonicImproperParameters() : Topology
• SetHarmonicPositionRestraintParameters() : Topology
• SetHelixEcc() : CartoonRenderOptions
• SetHelixMode() : CartoonRenderOptions
• SetHelixProfileType() : CartoonRenderOptions
• SetHelixThickness() : CartoonRenderOptions
• SetHelixWidth() : CartoonRenderOptions
• SetHemiParams() : Scene
• SetHetAtom() : AtomBase , AtomImpl
• SetHistogramBinCount() : MapIso
• SetHSV() : Color
• SetHSVMode() : Gradient
• SetHue() : Color
• SetID() : MMCifInfoTransOp , MMCifInfoBioUnit , MMCifInfoCitation , MMCifInfoObsolete , MMCifInfoTransOp , MMCifInfoBioUnit , MMCifInfoCitation , MMCifInfoObsolete
• SetImageInfo() : InfoPanel
• SetInchi() : Compound
• SetInchiKey() : Compound
• SetIndex() : ToolOptionEnum , AtomBase , AtomImpl , ResidueView
• SetInfoText() : OverlayManagerGUI
• setInitialState() : StateMachine
• SetInsCode() : ResNum
• SetInSequence() : ChainHandle , ChainImpl
• SetInString() : PythonTokenizer
• SetInt() : InfoItem
• SetInternalWidget() : Widget
• SetIntProp() : GenericPropContainer< H >
• SetIntRepr() : EleImpl
• SetInvert() : DataViewer , DataViewerPanelBase
• SetISBN() : MMCifInfoCitation
• SetIsLigand() : ResidueImpl , ResidueBase
• SetIsPQR() : PDBWriter
• SetIsProtein() : ResidueBase
• SetItem() : PresetEditorListModel
• SetItems() : ChainComboBox
• SetKeep() : RenderOp
• SetKey() : ResidueImpl
• SetLeaf() : OctreeNode
• SetLength() : ConnectorImpl
• SetLevel() : BasicGradientColorOp , GradientLevelColorOp , MapIso , LevelPreview
• SetLHS() : LogicOPNode
• SetLightDir() : Scene
• SetLighting() : IndexedVertexArray
• SetLightProp() : Scene
• SetLimit() : LowPassFilter , HighPassFilter , GaussianLowPassFilter , GaussianHighPassFilter , FermiLowPassFilter , FermiHighPassFilter , ButterworthLowPassFilter
• SetLineHalo() : GfxObj , GfxObjBase , IndexedVertexArray
• SetLineWidth() : GfxObj , GfxObjBase , PrimList , Primitive , LineRenderOptions , IndexedVertexArray , Measurement
• SetLJPairParameters() : Topology
• SetMapHandle() : MapHandleColorOp
• SetMask() : ColorOp , MaskOverlay
• SetMass() : MMCifInfoStructDetails , AtomBase , AtomImpl , Topology
• SetMasses() : Topology
• SetMassMethod() : MMCifInfoStructDetails
• SetMaster() : AlignedRegion
• SetMatAmb() : GfxObj , GfxObjBase
• SetMatDiff() : GfxObj , GfxObjBase
• SetMatEmm() : GfxObj , GfxObjBase
• SetMaterial() : GfxObj
• SetMatrix() : Transform , MMCifInfoTransOp
• SetMatShin() : GfxObj , GfxObjBase
• SetMatSpec() : GfxObj , GfxObjBase
• SetMax() : OctreeNode
• SetMaximum() : StatBase , StatMinMaxBase , LevelPreview
• SetMaxV() : GradientColorOp
• SetMean() : StatBase
• SetMessageCount() : MessageLevel
• SetMethod() : MMCifInfo
• SetMethodDetails() : MMCifInfoBioUnit
• SetMin() : OctreeNode
• SetMinimum() : StatBase , StatMinMaxBase , LevelPreview
• SetMinV() : GradientColorOp
• SetMode() : IndexedVertexArray
• SetModelDetails() : MMCifInfoStructDetails
• SetModelTypeDetails() : MMCifInfoStructDetails
• SetModificationDate() : Compound
• SetMousePoint() : InfoPanel
• SetMutable() : CoordSource
• SetName() : Compound , ColorOp , EntityRenderer , DataViewer , Overlay , EntityPartNode , LabelNode , SequenceRow , InfoGroup , InfoHandle , EleImpl , InfoItem , AtomBase , EntityBase , ChainImpl , EntityImpl , SequenceImpl , SequenceHandle , Preset , QSscoreEntity , Table
• SetNames() : Interaction
• SetNear() : Scene , ClipWidget
• SetNearBounds() : ClipWidget
• SetNearFar() : Scene
• SetNewMap() : MapOctree
• SetNewType() : EleImpl
• SetNode() : Polygon2 , PolygonMask
• SetNormal() : Plane , IndexedVertexArray
• SetNormalizeOnSave() : IPL , TIF , MRC , DAT , DF3 , DX , IPL , PNG , Situs , Spider , DAT , DF3 , DX , MRC , PNG , Situs , Spider , TIF
• SetNormalSmoothFactor() : TraceRenderOptions , GfxObj , CartoonRenderOptions
• SetNSF() : MapIso
• SetNullModel() : ProfileHandle
• SetNum() : ResNum
• SetNumber() : ResidueImpl
• SetOBCScaling() : Topology
• SetOBCScalings() : Topology
• SetObservedData() : DataObserver
• SetObserveScene() : SequenceViewer
• SetObsoleteInfo() : MMCifInfo
• SetOccupancy() : AtomBase , AtomImpl
• SetOffset() : SequenceHandle , DataViewer , DataViewerPanelBase , SequenceImpl
• SetOneLetterCode() : SequenceImpl , Compound , ResidueImpl , ResidueBase , SequenceHandle
• SetOp() : UniformColorOpWidget
• SetOP() : LogicOPNode
• SetOp() : Preset , GradientLevelColorOpWidget , ByElementColorOpWidget , ByChainColorOpWidget , RenderOpWidget , VisibilityOpWidget
• SetOpacity() : GfxObjBase , Entity , GfxObj , IndexedVertexArray
• SetOptions() : LineTraceRenderer , CPKRenderer , Entity , CartoonRenderer , CustomRenderer , DebugRenderer , EntityRenderer , SimpleRenderer , SlineRenderer , TraceRenderer
• SetOrigin() : Ellipse2 , Hyperbola2 , Sphere , Rotation3
• SetOutline() : GfxObj , GfxObjBase , Primitive
• SetOutlineColor() : Primitive
• SetOutlineExpandColor() : Entity , GfxObj , GfxObjBase , IndexedVertexArray
• SetOutlineExpandFactor() : Entity , GfxObj , GfxObjBase , IndexedVertexArray
• SetOutlineMaterial() : IndexedVertexArray
• SetOutlineMode() : GfxObj , GfxObjBase , IndexedVertexArray
• SetOutlineWidth() : Entity , GfxObj , GfxObjBase , IndexedVertexArray
• SetOutputLogging() : TextLogger
• SetOverlayLock() : OverlayManager
• SetOverlayVisibility() : OverlayManager
• SetP() : Plane
• SetPageFirst() : MMCifInfoCitation
• SetPageLast() : MMCifInfoCitation
• SetParam() : StereoChemicalParams , Interaction
• SetParent() : Node
• SetPassiveColor() : PointlistOverlayBase
• SetPathCompletionPrefix() : PythonShellWidget
• SetPDBID() : MMCifInfoObsolete
• SetPen() : SymbolDrawingStrategy , CrosshairBaseDrawingStrategy
• SetPenColor() : CrosshairBaseDrawingStrategy , SymbolDrawingStrategy
• SetPeriodicBoxExtents() : Simulation
• SetPeriodicDihedralParameters() : Topology
• SetPeriodicImproperParameters() : Topology
• SetPhasecolor() : TIF
• SetPhi() : Rotation3
• SetPickPoint() : SceneMenu
• SetPixel() : RasterImage
• SetPixelSampling() : Data , PixelSampling
• SetPlane() : MapSlab
• SetPointSize() : IndexedVertexArray
• SetPolyMode() : CartoonRenderOptions , GfxObj , GfxObjBase , IndexedVertexArray
• SetPos() : MyGradientStop
• SetPosition() : FFTPanel
• SetPositions() : Simulation
• SetPreprocessorDefinition() : FFReader
• SetPreset() : PresetEditor
• SetPrimaryConnector() : AtomImpl
• SetProperty() : GradientColorOp
• SetProps() : PointlistOverlayBase
• SetProtein() : ResidueImpl
• SetPsi() : Rotation3
• SetPublishedIn() : MMCifInfoCitation
• SetPubMed() : MMCifInfoCitation
• SetQ() : GaussianGradientMagnitudeFilterBase , GaussianLaplacianFilterBase , GaussianFilterBase
• SetQuat() : Rotation3
• SetQuery() : Entity , QueryViewWrapper , QueryEditorWidget
• SetQueryFlags() : QueryEditorWidget
• SetQueryView() : CurrentSelectionNode , EntityPartNode , Entity
• SetRadius() : Circle2 , PrimList , AtomBase , AtomImpl , Sphere
• SetRadiusMult() : CPKRenderOptions
• SetRange() : PythonContext
• SetReadCanonicalSeqRes() : MMCifReader
• SetReadSeqRes() : MMCifReader , PDBReader
• SetReal() : ImageStateBase , FrequencyDomain , HalfFrequencyDomain , SpatialDomain , ImageHandle , ImageStateImpl< T, D >
• SetRed() : Color
• SetReferenceIndex() : TrajWidget
• SetRenderMode() : Entity , GfxObj , GfxObjBase , RenderOp , Entity
• SetReplacedPDBID() : MMCifInfoObsolete
• SetResidueNumber() : EditorBase
• SetResolution() : MMCifInfo
• SetRestrictChains() : MMCifReader
• SetRevisionsDateOriginal() : MMCifInfo
• SetRFree() : MMCifInfo
• SetRGB() : Color
• SetRHS() : LogicOPNode
• SetRole() : SequenceImpl , SequenceHandle
• SetRot() : Transform
• SetRotationAngle() : Rotation3
• SetRotationAxis() : Rotation3
• SetRotationMatrix() : Rotation3
• SetRTC() : Scene
• SetRWork() : MMCifInfo
• SetSampling() : ImageStateImpl< T, D > , ImageStateBase
• SetSat() : Color
• SetScale() : Exporter
• setScaling() : DensityForce
• SetScore() : ContactPredictionScoreResult
• SetSecStructure() : ResidueImpl , ResidueBase
• SetSelection() : VisibilityOp , SequenceRow , DataViewer , RenderOp , EntityViewColorOp , EntityRenderer , BaseViewObject , DataViewerPanelBase , BaseRow , InfoPanel , Entity , ColorOp
• SetSelectionFlags() : RenderOp , VisibilityOp , ColorOp
• SetSelectionMode() : DataViewerPanelBase , Scene
• SetSeqHack() : Entity , BackboneTrace
• SetSequence() : SequenceRow , ProfileHandle , SecStrRow
• SetSequenceName() : AlignmentHandle
• SetSequenceOffset() : AlignmentHandle
• SetSequenceRole() : AlignmentHandle
• SetShadingMode() : Scene
• SetShadow() : Scene
• SetShadowQuality() : Scene
• SetShadowWeight() : Scene
• SetShift() : MaskOverlay , FractionalShift
• SetShin() : Material
• SetShowCenter() : Scene
• SetShowExportAspect() : Scene
• SetSigma() : GaussianFilterBase , GaussianLaplacianFilterBase , Topology , GaussianGradientMagnitudeFilterBase
• SetSigmas() : Topology
• SetSigned() : TIF , DAT , TIF , DAT
• SetSingleAlignment() : SequenceTableView
• SetSize() : ColorSelectWidget
• SetSlab() : DataViewerPanelBase , DataViewer
• SetSolid() : IndexedVertexArray , GfxObj , GfxObjBase
• SetSolidColor() : GfxObj , GfxObjBase , IndexedVertexArray
• SetSpatialOrigin() : ImageStateBase , Data , SpatialDomain , HalfFrequencyDomain , ImageStateImpl< T, D > , ImageHandle , FrequencyDomain , NullData
• SetSpatialSampling() : PixelSampling , Data
• SetSpec() : Material
• SetSpeed() : TrajWidget
• SetSphereDetail() : CustomRenderOptions , PrimList , CPKRenderOptions
• SetSphereMode() : CPKRenderOptions
• SetSphereRad() : CustomRenderOptions
• SetSplineDetail() : SlineRenderOptions , CartoonRenderOptions
• SetStandardCTer() : Forcefield
• SetStandardDeviation() : StatBase
• SetStandardNTer() : Forcefield
• SetStart() : Rectangle2 , Extent
• SetStartTime() : CoordGroupHandle , CoordSource
• SetState() : AtomImpl
• SetStereoAlg() : Scene
• SetStereoDistance() : Scene
• SetStereoFlip() : Scene
• SetStereoIOD() : Scene
• SetStereoMode() : Scene
• SetStereoView() : Scene
• SetStop() : ButterworthLowPassFilter
• SetStrandEcc() : CartoonRenderOptions
• SetStrandMode() : CartoonRenderOptions
• SetStrandProfileType() : CartoonRenderOptions
• SetStrandThickness() : CartoonRenderOptions
• SetStrandWidth() : CartoonRenderOptions
• SetStrictHydrogens() : RuleBasedProcessor
• SetString() : SequenceImpl , SequenceHandle
• SetStringProp() : GenericPropContainer< H >
• SetStringRepr() : EleImpl
• SetStructDetails() : MMCifInfo
• SetStructRefs() : MMCifInfo
• SetSubformat() : MRC
• SetSubimage() : Nanoscope , TIF , Nanoscope , TIF
• SetSum() : StatBase
• SetSymbolShape() : PointlistOverlayBase
• SetSymbolSize() : PointlistOverlayBase , SymbolDrawingStrategy
• SetSymbolStrength() : SymbolDrawingStrategy
• SetSymmetries() : QSscorer
• SetT() : FermiLowPassFilter , FermiHighPassFilter
• SetTabWidth() : PythonShellWidget
• SetTestMode() : GLCanvas , Scene , GLWin
• SetTexCoord() : IndexedVertexArray
• SetTextData() : InfoGroup , InfoHandle , EleImpl
• SetTF() : GfxObj
• SetTheta() : Rotation3
• SetThresholds() : SliceFnc
• SetTimeUnit() : TrajWidget
• Settings() : Settings
• SettingsChanged() : Overlay , OverlayManagerGUI
• SettingsIgnored() : WidgetStateSaverConfig
• SetTitle() : MMCifInfoCitation , MMCifInfoStructDetails
• SetTMat() : FragmentImpl
• SetToOrigin() : Exporter
• SetTorsionAngle() : ICSEditor
• SetTraced() : AtomImpl
• SetTrans() : Transform
• SetTransform() : XCSEditor , EntityHandle , EntityImpl , Scene , XCSEditor
• SetTubeProfileType() : CartoonRenderOptions
• SetTubeRadius() : TraceRenderOptions , CartoonRenderOptions
• SetTubeRatio() : CartoonRenderOptions
• SetTwistHack() : BackboneTrace , CartoonRenderOptions
• SetTwoSided() : IndexedVertexArray
• SetType() : EleImpl , InfoItem , MMCifInfoTransOp , InfoItem , ChainImpl
• SetTypes() : Interaction
• SetUniqueID() : Widget
• SetUnkAtomTreatment() : RuleBasedProcessor
• SetUnkResidueTreatment() : RuleBasedProcessor
• setUp() : XMLTestRunnerTest
• Setup() : Shader , SceneFX
• setup_readonly_state_machine_() : PythonShellWidget
• setup_state_machine_() : PythonShellWidget
• SetupTransform() : Exporter
• SetUreyBradleyAngleParameters() : Topology
• SetVal() : Color
• SetValue() : ToolOptionNum< T, C > , InfoItem
• SetVariance() : StatBase
• SetVec3Prop() : GenericPropContainer< H >
• SetVecRepr() : EleImpl
• SetVector() : MMCifInfoTransOp , InfoItem
• SetVelocities() : Simulation
• SetVert() : IndexedVertexArray
• SetView() : ColorOp
• SetViewerMax() : DataViewerPanelBase , DataViewer
• SetViewerMin() : DataViewerPanelBase , DataViewer
• SetViewport() : Scene
• SetVisible() : EntityRenderer , EntityPartNode , Entity , VisibilityOp , Entity
• SetVisited() : AtomImpl
• SetVolume() : MMCifInfoCitation
• SetW() : Vec4
• SetWeight() : SubstWeightMatrix
• SetWidget() : PanelBarWidgetHolder
• SetWriteMultiModel() : PDBWriter
• SetX() : Vec3 , Vec2 , Vec4
• SetY() : Vec4 , Vec3 , Vec2
• SetYear() : MMCifInfoCitation
• SetZ() : Vec4 , Vec3
• SetZeroOccTreatment() : Processor
• SetZoomScale() : DataViewer , DataViewerPanelBase
• ShellHistory() : ShellHistory
• Shift() : ExtentMask , SphericalMask , MaskBase , InvertedMask , Extent , CircleMask , PolygonMask , CompositeMask
• ShiftFnc() : ShiftFnc
• ShiftLeft() : AlignedRegion
• ShiftRegion() : AlignmentHandle , SequenceImpl
• ShiftRight() : AlignedRegion
• Show() : SceneSelection , GfxNode
• ShowClickedPosition() : DataViewerPanelBase
• ShowDownsampledMap() : MapIso
• showEvent() : InspectorDialog , PythonShellWidget
• ShowExclusive() : SceneSelection
• ShowGLWin() : InitMenuBar
• ShowMenu() : ContextMenu , SceneMenu
• ShowOriginalMap() : MapIso
• ShowSizeDialog() : FFTPanel
• ShowSubWindow() : MainArea
• ShowWidget() : PanelWidgetContainer
• Shrink() : MaskBase
• SideBar() : SideBar
• SignalTransition() : SignalTransition
• SimilarityMatrix() : SimilarityMatrix
• SimpleRenderer() : SimpleRenderer
• SimpleRenderOptions() : SimpleRenderOptions
• Simulation() : Simulation
• SinFnc() : SinFnc
• Situs() : Situs
• size() : ProfileDB , StringRef
• Size() : Size , ToolOptionEnum , Size
• size() : ProfileHandle
• Size() : Size
• size() : AdjacencyBitmap , PodVector< T > , FixedString< LENGTH >
• sizeHint() : Gutter
• sizeHintForColumn() : SequenceTableView
• sizeHintForRow() : SequenceTableView
• slab_center() : DataViewerPanelBase
• slab_end() : DataViewerPanelBase
• slab_minus() : DataViewerPanelBase
• slab_plus() : DataViewerPanelBase
• slab_start() : DataViewerPanelBase
• slabChanged() : DataViewerPanelBase
• Slice() : SequenceList , SequenceListImpl , ConstSequenceList
• SliceFnc() : SliceFnc
• SlineRenderer() : SlineRenderer
• SlineRenderOptions() : SlineRenderOptions
• SmoothMaskImageBase() : SmoothMaskImageBase
• SmoothNormals() : IndexedVertexArray
• SmoothVertices() : IndexedVertexArray , GfxObj
• Sort() : Table
• sort() : TableModel
• SpatialDomain() : SpatialDomain
• SpatialOrganizer() : SpatialOrganizer< ITEM, VEC >
• SpearmanCorrel() : Table
• Sphere() : Sphere
• SpherePrim() : SpherePrim
• SphericalMask() : SphericalMask
• Spider() : Spider
• SplineEntry() : SplineEntry
• split() : StringRef
• SplitLine() : StarParser
• splitPath() : PythonCompleter
• SplitterPanelBar() : SplitterPanelBar
• SqrtFnc() : SqrtFnc
• SquareDrawingStrategy() : SquareDrawingStrategy
• StarDataItem() : StarDataItem
• StarLoopDesc() : StarLoopDesc
• StarParser() : StarParser
• Start() : PythonInterpreter
• start() : StateMachine
• start_obj() : PovState
• StartDrag() : PanelWidgetContainer , PanelManager
• StartOffscreenMode() : Scene
• startTest() : _XMLTestResult
• StatAccumulator() : StatAccumulator< MAX_MOMENT, DATATYPE >
• StatBase() : StatBase
• State() : State
• StateApply() : ImageHandle , ImageList , ConstImageHandle , ImageList , ConstImageHandle , ImageList , ConstImageHandle , ImageList , ImageHandle , ConstImageHandle
• StateApplyIP() : ImageList , ImageHandle , ImageList , ImageHandle , ImageList
• StateMachine() : StateMachine
• StatMinMaxBase() : StatMinMaxBase
• Stats() : Table
• StatusMessage() : Scene , GLWinBase , Perspective , GLWin , GLCanvas
• StdDev() : Table
• Steps() : Simulation
• StereoChemicalAngleViolation() : StereoChemicalAngleViolation
• StereoChemicalBondViolation() : StereoChemicalBondViolation
• StereoChemicalProps() : StereoChemicalProps
• StereoChemistryInfo() : StereoChemistryInfo
• Stop() : Gradient::Stop , PythonInterpreter
• StopOffscreenMode() : Scene
• StopScript() : PythonInterpreter , GostyApp
• stopTest() : _XMLTestResult
• StoreExpression() : MMCifReader
• StorePreset() : PresetInfoHandler
• StoreQGradient() : GradientInfoHandler
• StoreRange() : MMCifReader
• str() : StringOrRegexParam , StringRef
• str_no_whitespace() : StringRef
• Stream() : BinaryDataSource , BinaryDataSink
• StreamLogSink() : StreamLogSink
• StringLogSink() : StringLogSink
• StringOrRegexParam() : StringOrRegexParam
• StringRef() : StringRef
• Strip() : InfoPath
• Submit() : PreparedStatement
• substr() : StringRef
• SubstractView() : EntityRenderer
• SubstWeightMatrix() : SubstWeightMatrix
• Sum() : Table
• superposition() : QSscorer
• SuperpositionResult() : SuperpositionResult
• supportedDragActions() : SceneWinModel
• Surface() : Surface
• SurfaceHandle() : SurfaceHandle
• SurfaceImpl() : SurfaceImpl
• SurfaceVertex() : SurfaceVertex
• Swap() : EntityImpl , SpatialOrganizer< ITEM, VEC >
• swap() : MeanSquareMinimizer
• Swap() : ValueHolder< V > , EntityHandle , ImageHandle
• Switch() : ConnectorImpl
• SwitchAtomPos() : ResidueImpl , ResidueHandle
• SymbolDrawingStrategy() : SymbolDrawingStrategy
• symm_1() : QSscorer
• symm_2() : QSscorer
• SymmetryNode() : SymmetryNode
• SymmetryOp() : SymmetryOp