- a -

• ABFAC : Prop
• ACHARGE : Prop
• AINDEX : Prop
• ALIGNMENT : RefMode
• ALPHA_HELIX : SecStructure
• ALWAYSTRUE : EditPositionGuard
• AMBER : Compound
• ANAME : Prop
• ANCHORBIGGER : EditPositionGuard
• ANCHOREQUAL : EditPositionGuard
• ANCHORSMALLER : EditPositionGuard
• ANGL : Measurement
• ANUM : Prop
• ATOM : Prop
• AVG_BFACTORS : OMF
• AX : Prop
• AY : Prop
• AZ : Prop

- b -

• BEND : SecStructure
• BETA_BRIDGE : SecStructure
• BIGGER : EditPositionGuard
• BLOSUM100 : SubstWeightMatrix
• BLOSUM45 : SubstWeightMatrix
• BLOSUM62 : SubstWeightMatrix
• BLOSUM80 : SubstWeightMatrix
• BOOK : MMCifInfoCitation
• BUTTON : ToolOption

- c -

• CHAIN : Prop
• CHARMM : Compound
• CHECK_DUPLICATES : ViewAddFlag
• CNAME : Prop
• COIL : SecStructure
• COMMENT : PythonToken
• CUSTOM : Prop

- d -

• D_PEPTIDE_LINKING : ChemClass
• D_SACCHARIDE : ChemClass
• DEBUG : Logger
• DEFAULT_PEPLIB : OMF
• DIHE : Measurement
• Dimension : IndexBase< D >
• DIST : Measurement
• DNA_LINKING : ChemClass

- e -

• ELE : Prop
• END : PythonToken
• ENUM : ToolOption
• EQUAL : EditPositionGuard
• EXCLUSIVE_BONDS : QueryFlag
• EXTENDED : SecStructure

- f -

• FIT : Transformation
• FLOAT : Prop , ToolOption

- g -

• GREY : RasterImage
• GROUP : Exporter
• GROUPING : PythonToken

- i -

• IDENTIFIER : PythonToken
• IDENTITY : SubstWeightMatrix
• INCLUDE_ALL : ViewAddFlag
• INCLUDE_ATOMS : ViewAddFlag
• INCLUDE_CHAINS : ViewAddFlag
• INCLUDE_RESIDUES : ViewAddFlag
• INFER_PEP_BONDS : OMF
• INFO : Logger
• INT : ToolOption , Prop
• ISHETATM : Prop

- j -

• JOURNAL : MMCifInfoCitation

- k -

• KEYWORD : PythonToken

- l -

• L_PEPTIDE_LINKING : ChemClass
• L_SACCHARIDE : ChemClass
• LeftButton : MouseEvent
• LIGAND : Prop
• LONGER_SEQUENCE : RefMode

- m -

• MATCH : SubstWeightMatrix
• MATCH_RESIDUES : QueryFlag
• MiddleButton : MouseEvent
• MMCIF_COIL : MMCifReader
• MMCIF_HELIX : MMCifReader
• MMCIF_STRAND : MMCifReader
• MMCIF_TURN : MMCifReader

- n -

• NO_BONDS : QueryFlag
• NON_POLYMER : ChemClass
• NUC44 : SubstWeightMatrix
• NUCLEOTIDE : Prop
• NUMBER : PythonToken

- o -

• OBJ : Exporter
• OCC : Prop
• OPERATOR : PythonToken
• OPLS : Compound
• ORIGINAL : Transformation

- p -

• PDB : Compound
• PEPTIDE : Prop
• PEPTIDE_LINKING : ChemClass
• PHASECOLOR : RasterImage
• PI_HELIX : SecStructure
• PROTEIN : Prop

- q -

• QUIET : Logger

- r -

• RBFAC : Prop
• RESIDUE : Prop
• RightButton : MouseEvent
• RINDEX : Prop
• RNA_LINKING : ChemClass
• RNAME : Prop
• RNUM : Prop
• ROOT : Exporter
• ROUND_BFACTORS : OMF
• RTYPE : Prop

- s -

• SACCHARIDE : ChemClass
• SCRIPT : Logger
• SIGNCOLOR : RasterImage
• SKIP_SS : OMF
• SMALLER : EditPositionGuard
• STRING : Prop
• STRING_DELIM : PythonToken
• STRING_LITERAL : PythonToken

- t -

• THREE_TEN_HELIX : SecStructure
• TRACE : Logger
• TURN : SecStructure

- u -

• UNDEF : Prop
• UNKNOWN : MMCifInfoCitation , ChemClass
• UNSPECIFIED : Prop

- v -

• VEC_DIST : Prop
• VERBOSE : Logger

- w -

• WARNING : Logger
• WATER : ChemClass , Prop
• WITHIN : Prop

- x -

• XY : Plane
• XZ : Plane

- y -

• YX : Plane
• YZ : Plane

- z -

• ZX : Plane
• ZY : Plane