- a -

• A : Units
• a1 : ClashInfo , AngleViolationInfo , BondViolationInfo
• a2 : ClashInfo , BondViolationInfo , AngleViolationInfo
• a3 : AngleViolationInfo
• a_ci_ : PointlistOverlayBase
• a_cr_ : PointlistOverlayBase
• a_settings_ : PointlistOverlayBase
• a_sq_ : PointlistOverlayBase
• aa_dict : ContactWeightMatrix , PairSubstWeightMatrix
• aa_list : PairSubstWeightMatrix , ContactWeightMatrix
• aa_rendering_cb_ : LineTraceWidget , SimpleWidget , SlineWidget , WireframeWidget
• aaindex_entries : AAIndex
• aalines_flag_ : GfxObj
• acceptor : HBond
• acceptors : HBondableAtoms
• action : SurfaceContextMenu , SecStructContextMenu , AlignmentContextMenu
• actions_ : ToolBarOptionsWidget
• active_ : MaskOverlay
• active_color : PointlistOverlayBaseSettings
• active_color_ : PointlistOverlayBase
• active_color_b_ : PointlistOverlayBaseSettings
• active_state_ : StateMachine
• add_ : GradientEdit
• add_action : GradientPresetWidget , PresetWidget
• add_angles : Settings
• add_barostat : Settings
• add_bonds : Settings
• add_button_ : GradientPresetWidget , PresetEditor , PresetWidget
• add_cmaps : Settings
• add_dihedrals : Settings
• add_exclusions : Settings
• add_gbsa : Settings
• add_impropers : Settings
• add_mode_ : MaskOverlay
• add_nonbonded : Settings
• add_thermostat : Settings
• align_properties_painter : SequenceViewObject
• aligned_contacts : iAlignResult
• aligned_length : TMAlignResult , MMAlignResult
• aligned_patches : BlastHit
• aligned_residues : iAlignResult
• aligner : ChainMapper
• alignment : TMAlignResult , iAlignResult , cluster , MappedLDDTScorer
• alignments : OligoLDDTScorer , MMAlignResult
• all_chains : ChainComboBox
• aln : AlignedPatch , HHblitsHit
• ALPHABET_SIZE : SubstWeightMatrix
• alt_name : AtomSpec
• amb_occl_factor : SceneFX
• amb_occl_flag : SceneFX
• amb_occl_mode : SceneFX
• amb_occl_quality : SceneFX
• amb_occl_size : SceneFX
• AMINOACIDS : ChemType
• anames : ResidueDefinition
• anchor_idx : SidechainAtomRule
• angle : SidechainAtomRule , FindMemParam , AngleViolationInfo
• angle_ : Phase
• angle_table : StereoChemicalProps
• anisou : AtomProp
• anno : AAIndexData
• anno_type : AAIndexData
• antecedent_list : HBondAcceptor
• arc_spinbox_ : TraceWidget , CustomWidget , HSCWidget , TubeWidget
• assign_elem : MolckSettings
• asym_alns : MMCifWriterEntity
• asym_ids : MMCifWriterEntity
• atom : AtomEntry , SurfaceVertex , NodeEntry , AtomGroupEntry , HBondAcceptor
• atom1 : BondEntry
• atom2 : BondEntry
• atom_a : Contact
• atom_b : Contact
• atom_indices : lDDTScorer
• atom_map : GfxView
• atom_names : CustomCompound
• atom_one : BondSpec
• atom_two : BondSpec
• atoms : AtomGroup , BondTableEntry< ATOM >
• au_chains : BUInfo
• authors : AAIndexData
• auto_ : ClipWidget
• auto_calc_ : GradientLevelColorOpWidget
• automatic_transitions_ : State
• available : PooledWidget
• awake_ : PythonInterpreterWorker
• axis : FindMemParam