- a -

• ABFAC : Prop
• ACHARGE : Prop
• AINDEX : Prop
• ALIGNMENT : RefMode
• ALPHA_HELIX : SecStructure
• AMBER : Compound
• ANAME : Prop
• ANUM : Prop
• ATOM : Prop
• AX : Prop
• AY : Prop
• AZ : Prop

- b -

• BEND : SecStructure
• BETA_BRIDGE : SecStructure
• BLOSUM100 : SubstWeightMatrix
• BLOSUM45 : SubstWeightMatrix
• BLOSUM62 : SubstWeightMatrix
• BLOSUM80 : SubstWeightMatrix
• BOOK : MMCifInfoCitation

- c -

• CHAIN : Prop
• CHARMM : Compound
• CHECK_DUPLICATES : ViewAddFlag
• CNAME : Prop
• COIL : SecStructure
• CUSTOM : Prop

- d -

• DEBUG : Logger
• Dimension : IndexBase< D >

- e -

• ELE : Prop
• EXCLUSIVE_BONDS : QueryFlag
• EXTENDED : SecStructure

- f -

• FIT : Transformation
• FLOAT : Prop

- g -

• GREY : RasterImage

- i -

• INCLUDE_ALL : ViewAddFlag
• INCLUDE_ATOMS : ViewAddFlag
• INCLUDE_CHAINS : ViewAddFlag
• INCLUDE_RESIDUES : ViewAddFlag
• INFO : Logger
• INT : Prop
• ISHETATM : Prop

- j -

• JOURNAL : MMCifInfoCitation

- l -

• LIGAND : Prop
• LONGER_SEQUENCE : RefMode

- m -

• MATCH_RESIDUES : QueryFlag
• MMCIF_HELIX : MMCifReader
• MMCIF_STRAND : MMCifReader
• MMCIF_TURN : MMCifReader

- n -

• NO_BONDS : QueryFlag

- o -

• OCC : Prop
• OPLS : Compound
• ORIGINAL : Transformation

- p -

• PDB : Compound
• PEPTIDE : Prop
• PHASECOLOR : RasterImage
• PI_HELIX : SecStructure
• PROTEIN : Prop

- q -

• QUIET : Logger

- r -

• RBFAC : Prop
• RESIDUE : Prop
• RINDEX : Prop
• RNAME : Prop
• RNUM : Prop
• RTYPE : Prop

- s -

• SCRIPT : Logger
• SIGNCOLOR : RasterImage
• STRING : Prop

- t -

• THREE_TEN_HELIX : SecStructure
• TRACE : Logger
• TURN : SecStructure

- u -

• UNDEF : Prop
• UNKNOWN : MMCifInfoCitation
• UNSPECIFIED : Prop

- v -

• VEC_DIST : Prop
• VERBOSE : Logger

- w -

• WARNING : Logger
• WATER : Prop
• WITHIN : Prop

- x -

• XY : Plane
• XZ : Plane

- y -

• YX : Plane
• YZ : Plane

- z -

• ZX : Plane
• ZY : Plane