- a -

• A : Units
• aa_dict : ContactWeightMatrix , PairSubstWeightMatrix
• aa_list : ContactWeightMatrix , PairSubstWeightMatrix
• acceptor : HBond
• acceptors : HBondableAtoms
• add_angles : Settings
• add_barostat : Settings
• add_bonds : Settings
• add_cmaps : Settings
• add_dihedrals : Settings
• add_exclusions : Settings
• add_gbsa : Settings
• add_impropers : Settings
• add_nonbonded : Settings
• add_thermostat : Settings
• aligned_contacts : iAlignResult
• aligned_length : TMAlignResult , MMAlignResult
• aligned_patches : BlastHit
• aligned_residues : iAlignResult
• alignment : TMAlignResult , iAlignResult , cluster , MMAlignResult , MappedLDDTScorer
• alignments : OligoLDDTScorer
• aln : HHblitsHit , AlignedPatch
• ALPHABET_SIZE : SubstWeightMatrix
• alt_name : AtomSpec
• AMINOACIDS : ChemType
• angle : FindMemParam
• angle_ : Phase
• angle_table : StereoChemicalProps
• anisou : AtomProp
• antecedent_list : HBondAcceptor
• assign_elem : MolckSettings
• atom : HBondAcceptor , AtomGroupEntry , SurfaceVertex
• atom_a : Contact
• atom_b : Contact
• atom_one : BondSpec
• atom_two : BondSpec
• atoms : AtomGroup , BondTableEntry< ATOM >
• axis : FindMemParam