Here is a list of all struct and union fields with links to the structures/unions they belong to:

- a -

• A : Units
• A3MToCS() : HHblits
• A3MToProfile() : HHblits
• a_ci_ : PointlistOverlayBase
• a_cr_ : PointlistOverlayBase
• a_settings_ : PointlistOverlayBase
• a_sq_ : PointlistOverlayBase
• aa_dict : ContactWeightMatrix , PairSubstWeightMatrix
• aa_list : ContactWeightMatrix , PairSubstWeightMatrix
• aa_rendering_cb_ : LineTraceWidget , SimpleWidget , SlineWidget , WireframeWidget
• aalines_flag_ : GfxObj
• ABFAC : Prop
• abits : OffscreenBufferFormat
• About() : InitMenuBar
• accept() : FileTypeDialog
• acceptor : HBond
• acceptors : HBondableAtoms
• accum : OffscreenBufferFormat
• ACHARGE : Prop
• Acquire() : AdminRights
• action : SurfaceContextMenu , AlignmentContextMenu
• actions_ : ToolBarOptionsWidget
• Activate() : Tool
• ActivateOverlay() : OverlayManager
• ActivateTool() : ToolBar
• active_ : MaskOverlay
• active_color : PointlistOverlayBaseSettings
• active_color_ : PointlistOverlayBase
• active_color_b_ : PointlistOverlayBaseSettings
• active_state_ : StateMachine
• ActiveNodesChanged() : SceneWin , InspectorWidget
• ActiveToolChanged() : GLWin , ToolManager
• Add() : PresetEditor , PresetWidget , AminoAcidSet , GfxNode , FastSphereRenderer , Scene , IndexedVertexArray , PointlistOverlay , ToolOptionEnum , WidgetPool , InfoSet , StarLoopDesc , PDBize , SpatialOrganizer< ITEM, VEC > , Distances , Dist2Mean , GradientEdit , GradientPresetWidget
• add_ : GradientEdit
• add_action : GradientPresetWidget , PresetWidget
• add_angles : Settings
• add_barostat : Settings
• add_bonds : Settings
• add_button_ : GradientPresetWidget , PresetEditor , PresetWidget
• add_cmaps : Settings
• add_dihedrals : Settings
• add_exclusions : Settings
• add_gbsa : Settings
• add_impropers : Settings
• add_mode_ : MaskOverlay
• add_nonbonded : Settings
• add_scalar() : ImageStateImpl< T, D >
• add_thermostat : Settings
• AddAction() : ContextMenu , ToolBar
• AddAddRule() : GromacsBlockModifier
• AddAlignedSeq() : MMCifInfoStructRef
• AddAlignment() : SequenceViewer
• AddAllInclusiveBonds() : EntityView
• AddAltAtomPos() : EditorBase , ResidueImpl
• AddAngle() : BuildingBlock , Forcefield , GromacsBlockModifier
• AddAtom() : Compound , Diag , GfxView , ChainView , EntityView , BuildingBlock , ResidueView
• AddAtomInternal() : EntityView
• AddAtomRenamingRule() : Forcefield
• AddAuthorsToCitation() : MMCifInfo
• AddBioUnit() : MMCifInfo
• AddBlockModifier() : Forcefield
• AddBond() : Compound , GfxView , AtomView , EntityView , BuildingBlock , Forcefield , GromacsBlockModifier
• AddBuildingBlock() : Forcefield
• AddButton() : ButtonBox
• AddButtonBox() : ButtonBar
• AddCallback() : Progress
• AddChain() : EntityView , Diag , SequenceViewObject , MMCifInfoBioUnit , EntityView
• AddChild() : SceneNode
• AddCitation() : MMCifInfo
• AddCMap() : BuildingBlock , Forcefield , GromacsBlockModifier , Topology
• AddCol() : Table
• AddColumn() : ProfileHandle
• AddCommand() : PythonInterpreterWorker
• AddCompound() : CompoundLib
• AddConstraint() : BuildingBlock , Forcefield
• AddContext() : PythonContext
• AddCyl() : PrimList
• AddCylinder() : IndexedVertexArray
• AddDefault() : InfoHandle
• AddDeleteAtom() : GromacsBlockModifier
• AddDiag() : Diagnostics
• AddDif() : MMCifInfoStructRefSeq
• AddDihedral() : BuildingBlock , Forcefield , GromacsBlockModifier
• AddDisplayMode() : BaseViewObject
• AddDistance() : DistanceMap
• AddDistanceConstraint() : Topology
• AddDockWidget() : MainWindow
• AddEntity() : SequenceViewer
• addError() : _XMLTestResult
• AddExclusion() : BuildingBlock , Topology
• addFailure() : _XMLTestResult
• AddFGMDHBondAcceptor() : Topology
• AddFGMDHBondDonor() : Topology
• AddFrame() : CoordGroupHandle , CoordSource , InMemCoordSource
• AddFrames() : CoordGroupHandle
• AddGradientToInfo() : GradientListModel
• AddHarmonicAngle() : Topology
• AddHarmonicBond() : Topology
• AddHarmonicDistanceRestraint() : Topology
• AddHarmonicImproper() : Topology
• AddHarmonicPositionRestraint() : Topology
• AddHydrogenConstructor() : Forcefield
• AddHydrogenRule() : GromacsHydrogenConstructor
• AddIcoSphere() : IndexedVertexArray
• AddImplicitGenborn() : Forcefield
• AddImproper() : BuildingBlock , Forcefield , GromacsBlockModifier
• AddInt() : Diag
• AddItem() : GradientListModel , PresetEditorListModel , PresetListModel
• AddLabel() : GfxObj
• AddLF() : IsosurfaceGenerator
• AddLine() : PrimList , IndexedVertexArray
• AddLJ() : Forcefield
• AddLJPair() : Forcefield , Topology
• AddMass() : Forcefield
• AddMesh() : PrimList
• AddMMCifEntityIdTr() : MMCifInfo
• AddMMCifPDBChainTr() : MMCifInfo
• AddNode() : Polygon2 , SceneWinModel , PolygonMask
• AddNodeEntryList() : BackboneTrace
• AddObserver() : RenderOptions
• AddOp() : Preset
• AddOperation() : MMCifInfo
• AddOperations() : MMCifInfoBioUnit
• AddOption() : ToolOptionGroup , ToolOptions
• AddOverlay() : DataViewer , OverlayManager
• addParticle() : DensityForce
• AddPDBMMCifChainTr() : MMCifInfo
• AddPeriodicDihedral() : Topology
• AddPeriodicImproper() : Topology
• AddPersistentWidget() : MainArea
• AddPoint() : PointCloud , PrimList
• AddPointCloud() : PointCloudManager
• AddPositionConstraint() : Simulation , Topology
• AddPositionConstraints() : Simulation
• AddPresetToInfo() : PresetListModel
• AddProfile() : ProfileDB
• AddQuad() : IndexedVertexArray
• AddReplaceRule() : GromacsBlockModifier
• AddResidue() : Diag , ChainView , EntityView
• AddResidueRenamingRule() : Forcefield
• AddRevision() : MMCifInfoRevisions , MMCifInfo , MMCifInfoRevisions , MMCifInfo
• AddRow() : Table
• AddSecondaryConnector() : AtomImpl
• AddSequence() : SequenceViewObject , AlignmentHandle , SequenceListImpl , ConstSequenceList , SequenceList
• AddSink() : MultiLogSink
• AddSphere() : IndexedVertexArray , PrimList
• addState() : StateMachine
• AddStop() : GradientEdit
• AddString() : Diag
• AddText() : PrimList
• AddToken() : PythonContext
• AddTool() : ToolManager
• AddTorsion() : EditorBase , EntityImpl , ResidueImpl
• AddTrajectory() : TrajWidget
• addTransition() : State
• AddTri() : IndexedVertexArray , SurfaceImpl , SurfaceHandle
• AddTriN() : IndexedVertexArray
• AddUreyBradleyAngle() : Topology
• AddVertex() : SurfaceImpl , SurfaceHandle
• AddView() : EntityRenderer , SceneWin
• AddViewMode() : PanelBar
• AddWidget() : MainArea , PanelBar , PanelManager , ComboOptionsWidget , ToolBarOptionsWidget
• AddWidgetByName() : PanelManager
• AddWidgetToApp() : GostyApp
• AddWidgetToPool() : PanelManager
• AdjacencyBitmap() : AdjacencyBitmap
• AdjustPhaseOrigin() : ImageStateImpl< T, D >
• AdminRights() : AdminRights
• AdvanceProgress() : Progress
• AINDEX : Prop
• AlgorithmBase() : AlgorithmBase
• Align() : AlignmentContextMenu
• align_properties_painter : SequenceViewObject
• aligned_contacts : iAlignResult
• aligned_length : TMAlignResult , MMAlignResult
• aligned_patches : BlastHit
• aligned_residues : iAlignResult
• AlignedColumn() : AlignedColumn
• AlignedColumnIterator() : AlignedColumnIterator
• AlignedCuboid() : AlignedCuboid
• AlignedRegion() : AlignedRegion
• ALIGNMENT : RefMode
• alignment : iAlignResult , cluster , TMAlignResult , MMAlignResult
• AlignmentChanged() : SequenceTableView , SequenceViewer
• AlignmentHandle : ConstSequenceHandle , SequenceHandle , AlignmentHandle
• AlignmentOpts() : AlignmentOpts
• alignments() : QSscorer
• AlignmentViewObject() : AlignmentViewObject
• AlignPropertiesPainter() : AlignPropertiesPainter
• all_chains : ChainComboBox
• AllCleared() : MessageWidget
• aln : AlignedPatch , HHblitsHit
• Alpha() : Color
• ALPHA_HELIX : SecStructure
• ALPHABET_SIZE : SubstWeightMatrix
• alt_name : AtomSpec
• ALWAYSTRUE : EditPositionGuard
• AMBER : Compound
• AMINOACIDS : ChemType
• AminoAcidSet() : AminoAcidSet
• AminoAcidSetIterator() : AminoAcidSetIterator
• ANAME : Prop
• ANCHORBIGGER : EditPositionGuard
• ANCHOREQUAL : EditPositionGuard
• ANCHORSMALLER : EditPositionGuard
• ANGL : Measurement
• angle_ : Phase
• AnisotropicFilter() : AnisotropicFilter
• anisou : AtomProp
• antecedent_list : HBondAcceptor
• ANUM : Prop
• Append() : SequenceImpl , SequenceHandle
• AppendCode() : TextLogger
• AppendColorOp() : GfxObj
• AppendCommand() : ShellHistory
• AppendCommandlineArgument() : PythonInterpreter
• AppendError() : PythonShellWidget
• AppendModulePath() : PythonInterpreter
• AppendOutput() : PythonShellWidget , TextLogger
• AppendResidue() : EditorBase , ChainImpl
• Apply() : ConnectRendererBase , Data , Transformation , Surface , Scene , TraceRendererBase , EntityRenderer , GfxObj , Entity , Rotation3 , Transform , Entity , GfxNode , ConnectRendererBase , InfoGroup , EntityImpl , ConnectRendererBase , EntityRenderer , TraceRendererBase , Scene , TorsionHandle , Selection , Surface , Transformation , CircleMask , CompositeMask , ConstData , ExtentMask , ImageHandle , ResidueView , InfoHandle , ChainImpl , ImageHandle , ConstImageHandle , ConnectorImpl , ConstImageHandle , EntityHandle , ImageList , ImageStateBase , EntityView , ImageStateImpl< T, D > , ResidueView , ImageStateBase , PolygonMask , ImageStateImpl< T, D > , ChainHandle , BondHandle , ImageStateImpl< T, D > , ChainView , InvertedMask , MaskBase , NullData , SphericalMask , InfoGroup , AtomView , ImageHandle , ImageStateBase , InfoHandle , AtomHandle , AtomView , BondHandle , ChainView , EntityView , AtomImpl , ResidueImpl , TorsionImpl , ResidueHandle , ImageStateImpl< T, D > , ImageHandle , ImageStateBase , ImageList , ConstImageHandle , ImageList , ConstImageHandle
• ApplyAxisRotation() : Transform
• ApplyInverse() : Transform
• ApplyIP() : ImageHandle , ImageList , ImageStateBase , ImageStateImpl< T, D > , ImageHandle , ImageStateImpl< T, D > , ImageList , ConstData , ImageStateImpl< T, D > , ImageList , ImageStateBase , Data , ImageHandle , ConstImageHandle , ImageList , ImageStateBase , NullData
• ApplyLBFGS() : Simulation
• ApplyOn() : Preset , RenderOp , VisibilityOp
• ApplyOnBuildingBlock() : BlockModifier , HeuristicBlockModifier , HeuristicHydrogenConstructor , GromacsBlockModifier , HydrogenConstructor , TerminiConstructor , GromacsHydrogenConstructor
• ApplyOnResidue() : HeuristicBlockModifier , HeuristicHydrogenConstructor , TerminiConstructor , GromacsHydrogenConstructor , BlockModifier , HydrogenConstructor , GromacsBlockModifier
• ApplyOptions() : RenderModeWidget , Entity
• ApplyRenderOptions() : CartoonRenderOptions , CPKRenderOptions , LineRenderOptions , TraceRenderOptions , CustomRenderOptions , SlineRenderOptions , RenderOptions
• ApplySD() : Simulation
• ApplyShiftToMask() : MaskOverlay
• ApplyTo() : BasicGradientColorOp , ByElementColorOp , MapHandleColorOp , UniformColorOp , MapHandleColorOp , ColorOp , EntityViewColorOp , ByChainColorOp , GradientLevelColorOp
• ApplyTransform() : CoordSource , EntityImpl , XCSEditor , CoordGroupHandle
• ApplyXAxisRotation() : Transform
• ApplyXAxisTranslation() : Transform
• ApplyYAxisRotation() : Transform
• ApplyYAxisTranslation() : Transform
• ApplyZAxisRotation() : Transform
• ApplyZAxisTranslation() : Transform
• arc_spinbox_ : TraceWidget , TubeWidget , CustomWidget , HSCWidget
• AreResiduesConsecutive() : Processor
• Argand() : Argand
• As() : ImageFormatBase
• AsBool() : InfoItem
• AsFloat() : InfoItem
• AsImage() : SimilarityMatrix
• AsInt() : InfoItem
• Assign() : GenericPropContainerImpl
• AssignFFSpecificNames() : Forcefield
• AssignGromacsNaming() : Modeller
• AssignPDBNaming() : Modeller
• AssignPreset() : SubstWeightMatrix
• AssignSecondaryStructure() : ChainImpl , ChainHandle
• AssignSecStructure() : MMCifReader
• AsString() : ResNum
• AsVector() : InfoItem
• At() : Vec2 , Vec4 , Vec3 , Vec2
• at() : ProfileHandle
• At() : Vec4 , Mat2 , Mat3 , Mat4
• at() : ProfileHandle
• At() : Mat3 , Point , Hyperbola2 , Vec3 , Line3 , Mat2 , Plane , Ellipse2 , Line2
• AtAngle() : Ellipse2
• AtEnd() : IndexIterator , ShellHistory , LineIterator , RowSet< R > , IndexIterator< D > , ExtentIterator
• atom : AtomGroupEntry , SurfaceVertex , NodeEntry , AtomEntry
• Atom() : Builder
• ATOM : Prop
• atom : HBondAcceptor
• atom1 : BondEntry
• atom2 : BondEntry
• atom_a : Contact
• atom_b : Contact
• atom_map : GfxView
• atom_one : BondSpec
• atom_two : BondSpec
• AtomBase() : AtomBase
• AtomEntry() : AtomEntry
• AtomGroupEntry() : AtomGroupEntry
• AtomHandle() : AtomHandle
• AtomImpl() : AtomImpl
• AtomProp() : AtomProp
• AtomRenamingType : Forcefield
• atoms : BondTableEntry< ATOM > , AtomGroup
• AtomSpec() : AtomSpec
• AtomView : EntityView , AtomView
• AtStart() : ExtentIterator , IndexIterator
• Attach() : NullData , SurfaceImpl , ConstData , ImageHandle , ConstImageHandle , OverlayManager , SurfaceHandle , Observable
• AttachGfxObject() : SequenceViewObject
• AttachObserver() : EntityHandle , Scene , EntityImpl , SceneObserverImpl
• AttachRenderModeObserver() : SceneWinModel
• AttachView() : SequenceImpl , AlignmentHandle , SequenceHandle , AlignmentHandle , SequenceImpl
• auto_ : ClipWidget
• auto_calc_ : GradientLevelColorOpWidget
• AutoAutoslab() : Scene
• AutoCorrelateFnc() : AutoCorrelateFnc
• automatic_transitions_ : State
• AutomaticTransition() : AutomaticTransition
• Autoslab() : Scene
• AutoslabMax() : Scene
• available : PooledWidget
• awake_ : PythonInterpreterWorker
• AX : Prop
• AY : Prop
• AZ : Prop