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• About() : InitMenuBar
• accept() : FileTypeDialog
• Acquire() : AdminRights
• Activate() : Tool
• ActivateOverlay() : OverlayManager
• ActivateTool() : ToolBar
• ActiveNodesChanged() : SceneWin , InspectorWidget
• ActiveToolChanged() : GLWin , ToolManager
• Add() : Scene , IndexedVertexArray , PointlistOverlay , ToolOptionEnum , WidgetPool , InfoSet , StarLoopDesc , SpatialOrganizer< ITEM, VEC > , AminoAcidSet , GradientEdit , GradientPresetWidget , GfxNode , LoaderManagerWidget , PresetEditor , GfxNode , PresetWidget
• add_scalar() : ImageStateImpl< T, D >
• AddAction() : ContextMenu , ToolBar
• AddAlignedSeq() : MMCifInfoStructRef
• AddAlignment() : SequenceViewer
• AddAllInclusiveBonds() : EntityView
• AddAltAtomPos() : EditorBase , ResidueImpl
• AddAtom() : Compound , ConnResEntry , GfxView , ChainView , EntityView , ResidueView
• AddAtomInternal() : EntityView
• AddAuthorsToCitation() : MMCifInfo
• AddBioUnit() : MMCifInfo
• AddBond() : Compound , GfxView , AtomView , EntityView
• AddButton() : ButtonBox
• AddButtonBox() : ButtonBar
• AddCallback() : Progress
• AddChain() : EntityView , SequenceViewObject , MMCifInfoBioUnit , EntityView
• AddChild() : SceneNode
• AddCitation() : MMCifInfo
• AddCol() : Table
• AddCommand() : PythonInterpreterWorker
• AddCompound() : CompoundLib
• AddConn() : ConnResEntry
• AddContext() : PythonContext
• AddCyl() : PrimList
• AddCylinder() : IndexedVertexArray
• AddDefault() : InfoHandle
• AddDif() : MMCifInfoStructRefSeq
• AddDisplayMode() : BaseViewObject
• AddDockWidget() : MainWindow
• AddEntity() : SequenceViewer
• addError() : _XMLTestResult
• addFailure() : _XMLTestResult
• AddFrame() : CoordGroupHandle , CoordSource , InMemCoordSource
• AddFrames() : CoordGroupHandle
• AddGradientToInfo() : GradientListModel
• AddIcoSphere() : IndexedVertexArray
• AddItem() : GradientListModel , LoaderListModel , PresetEditorListModel , PresetListModel
• AddLabel() : GfxObj
• AddLF() : IsosurfaceGenerator
• AddLine() : PrimList , IndexedVertexArray
• AddLoaderToInfo() : LoaderListModel
• AddMesh() : PrimList
• AddMMCifPDBChainTr() : MMCifInfo
• AddNode() : Polygon2 , SceneWinModel , PolygonMask
• AddNodeEntryList() : BackboneTrace
• AddObserver() : RenderOptions
• AddOp() : Preset
• AddOperation() : MMCifInfo
• AddOperations() : MMCifInfoBioUnit
• AddOption() : ToolOptionGroup , ToolOptions
• AddOverlay() : DataViewer , OverlayManager
• AddPDBMMCifChainTr() : MMCifInfo
• AddPersistentWidget() : MainArea
• AddPoint() : PrimList , PointCloud
• AddPointCloud() : PointCloudManager
• AddPresetToInfo() : PresetListModel
• AddQuad() : IndexedVertexArray
• AddRemoteSiteLoader() : LoaderManager
• AddResidue() : ChainView , EntityView
• AddRow() : Table
• AddSecondaryConnector() : AtomImpl
• AddSequence() : SequenceViewObject , AlignmentHandle , SequenceListImpl , ConstSequenceList , SequenceList
• AddSink() : MultiLogSink
• AddSphere() : PrimList , IndexedVertexArray
• addState() : StateMachine
• AddStop() : GradientEdit
• AddText() : PrimList
• AddToken() : PythonContext
• AddTool() : ToolManager
• AddTors() : ConnResEntry
• AddTorsion() : EditorBase , EntityImpl , ResidueImpl
• addTransition() : State
• AddTri() : IndexedVertexArray , SurfaceImpl , SurfaceHandle
• AddTriN() : IndexedVertexArray
• AddVertex() : SurfaceImpl , SurfaceHandle
• AddView() : EntityRenderer , SceneWin
• AddViewMode() : PanelBar
• AddWidget() : MainArea , PanelBar , PanelManager , ComboOptionsWidget , ToolBarOptionsWidget
• AddWidgetByName() : PanelManager
• AddWidgetToApp() : GostyApp
• AddWidgetToPool() : PanelManager
• AdjustPhaseOrigin() : ImageStateImpl< T, D >
• AdminRights() : AdminRights
• AdvanceProgress() : Progress
• AlgorithmBase() : AlgorithmBase
• Align() : AlignmentContextMenu
• AlignedColumn() : AlignedColumn
• AlignedColumnIterator() : AlignedColumnIterator
• AlignedCuboid() : AlignedCuboid
• AlignedRegion() : AlignedRegion
• AlignmentChanged() : SequenceTableView , SequenceViewer
• AlignmentHandle() : AlignmentHandle
• AlignmentOpts() : AlignmentOpts
• AlignmentViewObject() : AlignmentViewObject
• AlignPropertiesPainter() : AlignPropertiesPainter
• AllCleared() : MessageWidget
• Alpha() : Color
• AminoAcidSet() : AminoAcidSet
• AminoAcidSetIterator() : AminoAcidSetIterator
• AnisotropicFilter() : AnisotropicFilter
• Append() : SequenceImpl , SequenceHandle
• AppendCode() : TextLogger
• AppendColorOp() : GfxObj
• AppendCommand() : ShellHistory
• AppendCommandlineArgument() : PythonInterpreter
• AppendError() : PythonShellWidget
• AppendId() : LoaderEditWidget
• AppendModulePath() : PythonInterpreter
• AppendOutput() : PythonShellWidget , TextLogger
• AppendResidue() : EditorBase , ChainImpl
• Apply() : EntityView , Function , TraceRendererBase , ImageHandle , EntityRenderer , ImageHandle , ConstImageHandle , ConnectRendererBase , ConstImageHandle , ImageList , ImageStateBase , Entity , ImageStateBase , ImageStateImpl< T, D > , InvertedMask , MaskBase , NullData , EntityView , SphericalMask , InfoGroup , InfoHandle , AtomHandle , AtomView , TorsionHandle , BondHandle , ChainHandle , ChainView , EntityHandle , Transform , TorsionImpl , AtomImpl , ChainImpl , ConnectorImpl , ResidueHandle , ResidueImpl , ResidueView , Transform , EntityImpl , PolygonMask , ChainView , AtomView , ImageList , ImageStateImpl< T, D > , ExtentMask , ImageList , ConstImageHandle , CircleMask , Surface , Rotation3 , Entity , GfxNode , GfxObj , ConnectRendererBase , EntityRenderer , TraceRendererBase , Scene , Selection , Surface , Transformation , CompositeMask , ConstData , Data
• ApplyAxisRotation() : Transform
• ApplyIP() : Function , ImageList , ConstData , ImageStateBase , ImageHandle , ImageList , ImageStateBase , ImageStateImpl< T, D > , NullData , Data , ImageHandle , ImageList , ImageStateImpl< T, D > , ImageStateBase , ImageStateImpl< T, D > , ConstImageHandle , ImageList
• ApplyOn() : Preset , VisibilityOp , RenderOp
• ApplyOptions() : RenderModeWidget , Entity
• ApplyRenderOptions() : CustomRenderOptions , TraceRenderOptions , CartoonRenderOptions , CPKRenderOptions , LineRenderOptions , SlineRenderOptions , RenderOptions
• ApplyShiftToMask() : MaskOverlay
• ApplyTo() : ByChainColorOp , ByElementColorOp , ColorOp , GradientLevelColorOp , MapHandleColorOp , UniformColorOp , BasicGradientColorOp , MapHandleColorOp , EntityViewColorOp
• ApplyTransform() : EntityImpl , XCSEditor
• ApplyXAxisRotation() : Transform
• ApplyXAxisTranslation() : Transform
• ApplyYAxisRotation() : Transform
• ApplyYAxisTranslation() : Transform
• ApplyZAxisRotation() : Transform
• ApplyZAxisTranslation() : Transform
• AreResiduesConsecutive() : Builder
• Argand() : Argand
• As() : ImageFormatBase
• AsBool() : InfoItem
• AsFloat() : InfoItem
• AsInt() : InfoItem
• Assign() : GenericPropContainerImpl
• AssignBackBoneTorsionsToResidue() : Builder
• AssignSecondaryStructure() : ChainHandle , ChainImpl
• AssignSecStructure() : MMCifReader
• AssignTorsions() : Builder , HeuristicBuilder , RuleBasedBuilder
• AssignTorsionsToResidue() : RuleBasedBuilder , Builder , HeuristicBuilder
• AsString() : ResNum
• AsVector() : InfoItem
• At() : Hyperbola2 , Plane , Line3 , Line2 , Ellipse2
• AtAngle() : Ellipse2
• AtEnd() : LineIterator , IndexIterator , IterRange< I > , ShellHistory , ExtentIterator , RowSet< R >
• AtomBase() : AtomBase
• AtomEntry() : AtomEntry
• AtomGroupEntry() : AtomGroupEntry
• AtomHandle() : AtomHandle
• AtomHandleIter() : AtomHandleIter
• AtomImpl() : AtomImpl
• AtomProp() : AtomProp
• AtomsBegin() : EntityView , EntityHandle , ChainHandle , ResidueHandle
• AtomsEnd() : EntityView , EntityHandle , ChainHandle , ResidueHandle
• AtomSpec() : AtomSpec
• AtomView() : AtomView
• AtomViewIter() : AtomViewIter
• AtStart() : IndexIterator , ExtentIterator
• Attach() : SurfaceHandle , SurfaceImpl , ConstData , ConstImageHandle , Function , NullData , Observable< T > , ImageHandle , SurfaceHandle , OverlayManager , SurfaceImpl
• AttachGfxObject() : SequenceViewObject
• AttachObserver() : EntityHandle , Scene , SceneObserverImpl , EntityImpl
• AttachRenderModeObserver() : SceneWinModel
• AttachView() : AlignmentHandle , SequenceHandle , SequenceImpl
• AutoAutoslab() : Scene
• AutoCorrelateFnc() : AutoCorrelateFnc
• AutomaticTransition() : AutomaticTransition
• Autoslab() : Scene
• AutoslabMax() : Scene