Here is a list of all struct and union fields with links to the structures/unions they belong to:

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• A : Units
• A3MToCS() : HHblits
• A3MToProfile() : HHblits
• aa_dict : ContactWeightMatrix , PairSubstWeightMatrix
• aa_list : ContactWeightMatrix , PairSubstWeightMatrix
• ABFAC : Prop
• acceptor : HBond
• acceptors : HBondableAtoms
• ACHARGE : Prop
• Add() : PDBize , SpatialOrganizer< ITEM, VEC > , Distances , Dist2Mean , AminoAcidSet , StarLoopDesc
• add_angles : Settings
• add_barostat : Settings
• add_bonds : Settings
• add_cmaps : Settings
• add_dihedrals : Settings
• add_exclusions : Settings
• add_gbsa : Settings
• add_impropers : Settings
• add_nonbonded : Settings
• add_scalar() : ImageStateImpl< T, D >
• add_thermostat : Settings
• AddAddRule() : GromacsBlockModifier
• AddAlignedSeq() : MMCifInfoStructRef
• AddAllInclusiveBonds() : EntityView
• AddAltAtomPos() : EditorBase , ResidueImpl
• AddAngle() : BuildingBlock , Forcefield , GromacsBlockModifier
• AddAssembly() : LinearIndexer
• AddAtom() : Compound , Diag , ChainView , EntityView , BuildingBlock , ResidueView
• AddAtomInternal() : EntityView
• AddAtomRenamingRule() : Forcefield
• AddAuthorsToCitation() : MMCifInfo
• AddBioUnit() : MMCifInfo
• AddBlockModifier() : Forcefield
• AddBond() : Compound , AtomView , EntityView , BuildingBlock , Forcefield , GromacsBlockModifier
• AddBuildingBlock() : Forcefield
• AddCallback() : Progress
• AddChain() : Diag , MMCifInfoBioUnit , EntityView
• AddCharacters() : LinearCharacterContainer
• AddCitation() : MMCifInfo
• AddCMap() : BuildingBlock , Forcefield , GromacsBlockModifier , Topology
• AddCol() : Table
• AddColumn() : ProfileHandle
• AddCompound() : CompoundLib
• AddConstraint() : BuildingBlock , Forcefield
• AddDeleteAtom() : GromacsBlockModifier
• AddDiag() : Diagnostics
• AddDif() : MMCifInfoStructRefSeq
• AddDihedral() : BuildingBlock , Forcefield , GromacsBlockModifier
• AddDistance() : DistanceMap
• AddDistanceConstraint() : Topology
• addError() : _XMLTestResult
• AddExclusion() : BuildingBlock , Topology
• addFailure() : _XMLTestResult
• AddFGMDHBondAcceptor() : Topology
• AddFGMDHBondDonor() : Topology
• AddFrame() : CoordGroupHandle , CoordSource , InMemCoordSource
• AddFrames() : CoordGroupHandle
• AddHarmonicAngle() : Topology
• AddHarmonicBond() : Topology
• AddHarmonicDistanceRestraint() : Topology
• AddHarmonicImproper() : Topology
• AddHarmonicPositionRestraint() : Topology
• AddHydrogenConstructor() : Forcefield
• AddHydrogenRule() : GromacsHydrogenConstructor
• AddImplicitGenborn() : Forcefield
• AddImproper() : BuildingBlock , Forcefield , GromacsBlockModifier
• AddInt() : Diag
• AddLJ() : Forcefield
• AddLJPair() : Forcefield , Topology
• AddMass() : Forcefield
• AddMMCifEntityIdTr() : MMCifInfo
• AddMMCifPDBChainTr() : MMCifInfo
• AddNode() : Polygon2 , PolygonMask
• AddOperation() : MMCifInfo
• AddOperations() : MMCifInfoBioUnit
• addParticle() : DensityForce
• AddPDBMMCifChainTr() : MMCifInfo
• AddPeriodicDihedral() : Topology
• AddPeriodicImproper() : Topology
• AddPoint() : PointCloud
• AddPointCloud() : PointCloudManager
• AddPositionConstraint() : Simulation , Topology
• AddPositionConstraints() : Simulation
• AddPositions() : LinearPositionContainer
• AddProfile() : ProfileDB
• AddReplaceRule() : GromacsBlockModifier
• AddResidue() : Diag , ChainView , EntityView
• AddResidueRenamingRule() : Forcefield
• AddRevision() : MMCifInfoRevisions , MMCifInfo , MMCifInfoRevisions , MMCifInfo
• AddRow() : Table
• AddSecondaryConnector() : AtomImpl
• AddSequence() : AlignmentHandle , SequenceListImpl , ConstSequenceList , SequenceList
• AddSink() : MultiLogSink
• AddString() : Diag
• AddTorsion() : EditorBase , EntityImpl , ResidueImpl
• AddTri() : SurfaceImpl , SurfaceHandle
• AddUreyBradleyAngle() : Topology
• AddVertex() : SurfaceImpl , SurfaceHandle
• AdjacencyBitmap() : AdjacencyBitmap
• AdjustPhaseOrigin() : ImageStateImpl< T, D >
• AdvanceProgress() : Progress
• AINDEX : Prop
• AlgorithmBase() : AlgorithmBase
• aligned_contacts : iAlignResult
• aligned_length : TMAlignResult , MMAlignResult
• aligned_patches : BlastHit
• aligned_residues : iAlignResult
• AlignedColumn() : AlignedColumn
• AlignedColumnIterator() : AlignedColumnIterator
• AlignedCuboid() : AlignedCuboid
• AlignedRegion() : AlignedRegion
• ALIGNMENT : RefMode
• alignment : TMAlignResult , iAlignResult , cluster , MMAlignResult , MappedLDDTScorer
• AlignmentHandle : ConstSequenceHandle , SequenceHandle , AlignmentHandle
• AlignmentOpts() : AlignmentOpts
• alignments : OligoLDDTScorer , QSscorer
• aln : AlignedPatch , HHblitsHit
• ALPHA_HELIX : SecStructure
• ALPHABET_SIZE : SubstWeightMatrix
• alt_name : AtomSpec
• AMBER : Compound
• AMINOACIDS : ChemType
• AminoAcidSet() : AminoAcidSet
• AminoAcidSetIterator() : AminoAcidSetIterator
• ANAME : Prop
• angle : FindMemParam
• angle_ : Phase
• angle_table : StereoChemicalProps
• AnisotropicFilter() : AnisotropicFilter
• anisou : AtomProp
• antecedent_list : HBondAcceptor
• ANUM : Prop
• Append() : SequenceImpl , SequenceHandle
• AppendResidue() : EditorBase , ChainImpl
• Apply() : EntityHandle , ImageStateBase , ImageStateImpl< T, D > , InvertedMask , NullData , PolygonMask , SphericalMask , AtomView , BondHandle , ChainHandle , ChainView , EntityView , AtomImpl , ConnectorImpl , EntityImpl , ResidueImpl , ResidueHandle , ResidueView , TorsionHandle , TorsionImpl , ChainImpl , ConstImageHandle , AtomHandle , MaskBase , ImageStateImpl< T, D > , ImageStateBase , ImageList , ImageHandle , CompositeMask , Transform , Rotation3 , Transform , Transformation , CircleMask , ConstData , Data , ExtentMask , ImageHandle , ConstImageHandle , ImageList , ImageStateBase
• ApplyAxisRotation() : Transform
• ApplyInverse() : Transform
• ApplyIP() : ImageStateBase , ConstImageHandle , ImageHandle , ConstData , Data , ImageHandle , ImageList , ImageStateBase , ImageHandle , ImageStateImpl< T, D > , ImageList , ImageHandle , ImageList , ImageStateBase , ImageStateImpl< T, D > , NullData , ImageStateImpl< T, D >
• ApplyLBFGS() : Simulation
• ApplyOnBuildingBlock() : GromacsHydrogenConstructor , HydrogenConstructor , GromacsBlockModifier , HeuristicHydrogenConstructor , HeuristicBlockModifier , BlockModifier , TerminiConstructor
• ApplyOnResidue() : TerminiConstructor , HeuristicHydrogenConstructor , GromacsBlockModifier , HydrogenConstructor , HeuristicBlockModifier , BlockModifier , GromacsHydrogenConstructor
• ApplySD() : Simulation
• ApplyTransform() : CoordSource , EntityImpl , XCSEditor , CoordGroupHandle
• ApplyXAxisRotation() : Transform
• ApplyXAxisTranslation() : Transform
• ApplyYAxisRotation() : Transform
• ApplyYAxisTranslation() : Transform
• ApplyZAxisRotation() : Transform
• ApplyZAxisTranslation() : Transform
• AreResiduesConsecutive() : Processor
• As() : ImageFormatBase
• AsImage() : SimilarityMatrix
• Assign() : GenericPropContainerImpl
• assign_elem : MolckSettings
• AssignFFSpecificNames() : Forcefield
• AssignGromacsNaming() : Modeller
• AssignPDBNaming() : Modeller
• AssignPreset() : SubstWeightMatrix
• AssignSecondaryStructure() : ChainHandle , ChainImpl
• AssignSecStructure() : MMCifReader
• AsString() : ResNum
• At() : Vec4 , Plane
• at() : ProfileHandle
• At() : Mat3 , Line3 , Vec4 , Mat2 , Point , Mat3 , Ellipse2 , Line2 , Vec2 , Vec3 , Hyperbola2 , Mat4
• AtAngle() : Ellipse2
• AtEnd() : IndexIterator , RowSet< R > , IndexIterator< D > , ExtentIterator , LineIterator
• ATOM : Prop
• atom : AtomGroupEntry , HBondAcceptor , SurfaceVertex
• Atom() : Builder
• atom_a : Contact
• atom_b : Contact
• atom_one : BondSpec
• atom_two : BondSpec
• AtomBase() : AtomBase
• AtomGroupEntry() : AtomGroupEntry
• AtomHandle() : AtomHandle
• AtomImpl() : AtomImpl
• AtomProp() : AtomProp
• AtomRenamingType : Forcefield
• atoms : BondTableEntry< ATOM > , AtomGroup
• AtomSpec() : AtomSpec
• AtomView() : AtomView , EntityView
• AtStart() : IndexIterator , ExtentIterator
• Attach() : NullData , ImageHandle , ConstData , SurfaceImpl , SurfaceHandle , ConstImageHandle , SurfaceImpl , Observable , SurfaceHandle
• AttachObserver() : EntityImpl , EntityHandle
• AttachView() : AlignmentHandle , SequenceHandle , SequenceImpl , SequenceHandle , SequenceImpl , AlignmentHandle
• AutoCorrelateFnc() : AutoCorrelateFnc
• AX : Prop
• axis : FindMemParam
• AY : Prop
• AZ : Prop